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安信证券分析师洪露则指出，“按照新的环保标准，制药企业的污水排放标准大幅提高，若不达标则面临停产整顿。
新标准中的主要指标均严于美国标准，例如发酵类企业的COD、BOD和总氰化物排放要求与最严格的欧盟标准相接近，环保门槛足足上调了一倍多。这一举措对于制药行业尤其是原料药行业影响是比较大的。”
平安证券行业首席分析师杜冬松在接受记者采访时表示：“目前制药企业处理一吨污水的成本大概是7至8元，而如果严格按新标准实施，处理费用可能要达到12至13元/吨，综合成本至少会上升一倍，原料药企业的成本会大幅度的提高，而且2年的缓冲时间相对于制药企业普遍的现状来说还是相当紧的。”
参与此次《标准》征求意见工作的中国化学制药工业协会专家委员会副主任沈贤姬也认为“新标准的出台，肯定对制药企业有所影响，这里面有个承受的过程问题。我们也希望政府能够加强管理，帮助企业能够逐步地适应新的规则。”
来自化学制药工业协会的分析指出，《标准》总体来说这是一个比较高的要求。有两方面的问题，一是企业是否已有足够的环保治理设备，如果开启这些设备就可以达到排放标准，那就只是成本问题。二是如果一些原来已有的环保治理设备的企业现在随着标准的提高而不能胜任，那就面临一个技术改造的问题。
新标准提高准入门槛
在记者采访的过程中，不论是政府机构还是行业协会，都认为新的《标准》将会对行业龙头企业有所帮助，形成更高的行业集中度。周凤保处长告诉记者，“新标准就是希望能淘汰那些技术落后、污染严重的小药厂。”而沈贤姬也说：“我们希望这个标准的实施能够提升行业的集中度。”
原料药生产大户东北制药董秘吕林全在接受记者采访时表示，“出台更加严格的环保规则非常正常。东北制药每年投入数千万元用于环保项目，即使没有新标准出台也是一样。因此，新标准对公司的成本不会构成新的压力，对公司生产经营不会有太大影响。”
特色原料药企业丽珠集团董秘李如才告诉记者：“我们每一家工厂都有独立的污水处理系统，我们的内部环保要求比现行的环保标准更加严格。由于目前国家对环保越来越重视，我们也将环保当作公司最重要的工作之一。”
以制剂药为主要产品恒瑞医药(600276,股吧)显得更加轻松，董秘戴洪斌告诉记者：“由于我们的主要产品是制剂，原料药的量非常少。相对来说，制剂药不存在很大的环保问题，而且公司历来在环保方面都做的很好。”