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一审判决下达后，官房公司不服并上诉至云南省高级人民法院。但云南高院审理后也认为，原审法院依据《通知》确认 《工程协议书》无效并无不当。同时考虑到柏联公司对协议无效也有过错，应对官房公司垫资产生的利息承担赔偿责任。因此云南高院判决：维持昆明市中级法院的一审判决;柏联公司赔偿官房公司部分损失。
之后，官房公司又向最高人民法院提出申诉。最高人民法院研究后发函要求云南高院对此案进行复查。
云南高院复查的焦点集中在“国务院各部委的规范性文件能否作为审判民事经济案件依据”的问题上。该院就这个问题形成两种意见：一种意见认为，国务院部委的规范性文件，不属于法律规定的行政法规范畴，不能作为人民法院审判案件的依据，原判决以两部一委通知确认承包合同无效是不当的(该意见为倾向性意见)。另一种意见认为，国务院两部一委的规范性文件，是针对各行业在实际经济生活中出现的问题而制发的，目的在于规范管理，维护市场有序发展;原判决确认合同无效有利于避免建设单位在资金不实的情况下盲目上新的建设项目，有利于规范建设市场，预防和减少纠纷。
云南高院就这两种意见向最高人民法院请示。
2000年10月，最高人民法院经研究对该请示作出如下答复：人民法院在审理民事、经济纠纷案件时，应当以法律和行政法规为依据。《关于严格禁止在工程建设中带资承包的通知》，不属于行政法规，也不是部门规章。从该通知内容看，主要以行政管理手段对建筑工程合同当事人带资承包进行限制，并给予行政处罚，而对于当事人之间的债权债务关系，仍应按照合同承担责任。因此，不应以当事人约定了带资承包条款，违反《通知》而认定合同无效。
该案争论的焦点在于合同双方约定了垫资条款，能否就此认定合同无效?或者说，《关于严格禁止在工程建设中带资承包的通知》这样一个部门文件是否具有法律约束力?从最高人民法院的答复中可以看出，最高人民法院认为该通知并不具有法律约束力。根据我国《合同法》的规定，要判定一个合同无效，必须证明该合同违反了法律和行政法规，而部门规章仅仅可以参照执行。但是云南高院认定本案合同无效的依据——《通知》不是部门规章，而是属于“部门规章之下的规范性文件”，它的法律效力是很弱的，不能作为判定合同无效的依据。也就是说，垫资并不在法律禁止的范围内。