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目前提交审议的草案二审稿中，对于排污企业缴纳环保税后，造成环境污染是否要追究责任，并没有相应的规定。
全国人大常委会委员云峰说：“建议在草案总则中增加一条，即征收环境保护税不免除纳税人防治污染、赔偿污染损害的责任和法律、法规规定的其他责任的规定。理由是环境保护税属于事后救济措施，不能从根本上解决环境污染问题。”
纳税不应免除污染损害责任
草案第2条指出，在中华人民共和国领域和中华人民共和国管辖的其他海域，直接向环境排放应税污染物的企业事业单位和其他生产经营者为环境保护税的纳税人，应当依照本法规定缴纳环境保护税。但是，排污企业足额缴纳了环境保护税后，是否意味着其对排污造成的环境污染损害可以免责呢？
云峰认为，征收环境保护税后，一些向环境排放应税污染物的企事业单位和其他生产经营者就会产生一种错觉——纳税人已经向国家交纳环境保护税了，企业的污染就应该由国家拿钱来治理，自己就不去积极治理污染。增加交税不能免责的条款就是要告知纳税人，交纳环境保护税是排污者应尽的一种法定义务，排污者向环境排放了污染物，必须按规定向国家交纳环境保护税。根据排污者承担的原则，交纳了环境保护税，并不是买了合法的排污权，交纳环境保护税还必须履行污染治理、改善环境质量的法律义务。纳税人交纳环境保护税，并不能免除应依法承担的其他法律责任。
全国人大常委会委员王毅也提出了类似的观点，他强调，缴纳环保税是排污者应尽的法定义务，不应因纳税而免除其他污染者根据负担原则所规定的污染治理、改善环境和损害赔偿等相关法律义务，甚至是刑事责任。
此外，周天鸿、严以新等全国人大常委会委员也提出了各自的看法和类似的建议。
委员建议提高污染物税额
根据《环境保护税税目税额表》规定，大气污染物和水污染物的税额幅度，以10倍为限。具体是指，大气污染物为每污染当量1.2元至12元，水污染物为每污染当量1.4元至14元。
而在一审稿中，对大气污染物、水污染物每污染当量税额分别设定为1.2元、1.4元，并没有设定相应的区间范围。
周天鸿介绍，考虑到现在大气污染物当量征税的基数1.2元，水污染是1.4元，这是“税负平移”的结果，没有增加企业负担，但是从平移排污费标准的总体来看，税额设置还是太低了，远远不能反映污染物治理成本。
他建议，能否适当提高税额，加大企业环保费用的支出，淘汰落后产能，倒逼企业运行减污设备、减排污染，减少地区之间的差异，也促进当地政府改变其产业结构。
同时，全国人大常委会委员车光铁认为，从法律制定情况看，此次税费改革基本坚持了“税负平移”的原则，将原来排污费的征收标准作为税率下限，虽然没有增加企业负担，但从目前和未来情况看，这个标准同生态环境污染代价相比已明显失衡，难以满足企业减排激励需要。
“建议应进一步建立和完善税率动态调整机制，分阶段、分情况、分区域逐步提高税率下限，充分发挥环保税调节作用，切实保障生态建设和环境治理稳步推进。”车光铁说。
此外，在启动环境保护税立法以来，有关二氧化碳是否应该纳入环境保护税税种，一直存在争议，此次草案中也并未涉及二氧化碳的相关内容。
对此，王毅建议，在第3条下增加第2款，为征收碳税等预留立法空间，建议条文为“对二氧化碳等的征税，根据经济社会发展情况，通过修订本法的方式来规定”。理由是减碳与降霾有协同效应，通过设立碳税有利于减少碳排放和降低灰霾，同时也有利于更早实现碳峰值和为碳市场提供必要的碳定价基础。
环保税应保证专款专用
据统计，2015年征收的排污费是173亿元，缴费数户是28万户。排污费收入是专款专用，主要用于污染防治，成为我国环保投资的一部分。但是，费改税之后，环保税款如何征收、如何使用成为审议的热点话题之一。
草案中对环境保护税如何使用、如何分配未给出相应的要求。
全国人大常委会副委员长陈竺建议，增加“环境保护税收入专项用于环境保护”条款。
陈竺介绍，草案二审稿中没有对税收收入使用方式进行规定。按照通常的税收理论理解，环境保护税将纳入一般财政预算，整体上进行统筹使用。但在我国环保资金仍然十分紧缺的情况下，如果费改税后，收入纳入一般财政预算，各地一般财政预算是否还能保证这部分环保资金投入，可能是个问题。从国际经验看，许多发达国家用部分或者全部环境税收入，设立一般基金、环境类基金或其他社会公共基金，用于支持公共项目或环境资源类项目。
周天鸿称，草案中规定了征收管理的内容，但是没有规定环境保护税是由地方还是国家征收，是中央税、地方税还是共享税。对税收收入的使用方式也没有规定，现行排污费相关制度规定排污费收入是专款专用，绝大部分是还给地方用于污染治理的，现在环境保护税是否纳入一般的财政预算没有明确。
严以新则表示：“排污费在相关法律中是专款专用，禁止挪用，税是纳入财政预算的收入，是否在本草案中规定环境保护税专税专用，禁止挪用？但是具体由哪个部门分管专税的使用，也要讲清楚。”