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一、人力资源规划
在人力资源规划方面，公共组织与企业人力资源管理主要区别在于双方的目标定位和价值取向不同。公共组织管理主要定位于公共利益，对社会和公民负责，向社会和公民提供更好的公共服务和公共物品，以实现最大化公共利益的目标。公共组织人力资源管理首先考虑的是公共性，所有人力资源规划都是以公共性为基础进行的。企业管理主要定位于经济利益，对股东和员工负责，为实现经济利益最大化的最终目标，通过向市场提供有竞争力的产品来换取利润，以实现盈利，为股东带来回报。企业人力资源管理首先要考虑的是企业自身的经济利益，所有人力资源规划都是围绕着这个目标进行。
二、招聘与配置
1.招聘渠道与方式。公共组织人员的招聘主要是通过国家各级公务员考试、事业单位招聘考试等形式进行的，有一套完整的报名、笔试、面试流程，一般都在固定时间、地点进行，因此公共组织的人员招聘渠道与招聘方式比较固定。相对而言，企业人员的招聘较为灵活，可以通过招聘会、广告、中介、校园招聘、网络等多种渠道进行，招聘方式多种多样。
2.对人员的素质要求。在招聘中，公共组织对人员素质的要求主要体现在政治素养和道德水平方面，这可以从我国的公务员考试制度看出来。我国的公务员考试，可以说是一种通才的考试，对应试者的要求首先是高度的政治意识，如国家公务员考试中，大部分岗位都要求应试者的政治面貌为党员，其次才是考核相关行政知识，这与公共组织主要定位于公共利益是相关的。
企业在招聘中首先考虑的是人员的能力，主要着眼点在于应聘人员能否为企业创造相应价值，对人员的专业技能方面要求更高，一般不会对应聘人员的政治意识、素养方面提出要求。
三、培训与开发
公共组织一般没有完善的培训体系，培训的内容一般是倾向于政治素质和道德素养等方面的内容，如：国家政策法规、公共行政知识等，培训形式一般是采用讲授式，难以保证培训质量，更重要的是，公共组织没有对人员进行有效的培训需求调研，导致不能按需培训，培训内容不能在日常工作中起到实际效果。这些都说明了公共组织对人员培训没有足够的重视。
在企业方面，对人员培训有足够的重视，因为人员素质的提高是企业提高经济利益的保证。规模较大的企业都设有培训专员，有完善的培训体系，所培训的内容是在充分调研的基础上经过论证确定的，能对员工日常工作中起到实际作用。企业的培训多种多样，使受训人员对知识能够充分吸收。
四、绩效管理
虽然我国现在的公共组织在借鉴古代和国外经验的基础上，根据公共组织的特点，已经建立了一套相对完整的考核体系，但严格来说，这套考核体系还不能算是真正意义上的绩效考核体系，制度框架较为粗犷，不能形成真正有效的考核。
公共组织现在运行的考核体系，主要是针对公务员的政治素养、道德品质、工作作风方面进行考核，考核内容过于抽象和单一，标准过于笼统，难以形成真正有效的绩效管理。而在企业管理中，由于员工工作绩效的高低直接影响了企业的整体效益，因此，企业将绩效管理视为人力资源部门的一项战略性任务，对其有足够的重视，规模较大的企业一般都有完善的绩效考核制度，将绩效考核结果作为员工定薪定级的重要依据。
五、薪酬管理
1.薪酬结构。公共组织人员的薪酬结构一般为固定工资加福利的形式，薪酬比较固定。而企业员工薪酬结构一般为基本工资加奖金的形式，奖金浮动较大，因此，能充分反应员工的工作成绩，更能对员工的工作形成有效的激励。
2.工资来源。公共组织工作人员的工资主要来源于国家财政拨款，属于国家征收税款的二次分配。而企业员工的工资收入则主要来源于企业自身利润，这于员工的工作业绩有很大的关系。
六、劳动关系
公共组织人力资源管理与企业人力资源管理在劳动关系方面的最大差异在于二者适用法律方面的差异。公共组织工作人员主要为政府公务员，他们的行为绝大多数是受制于红头文件，以行政执法为第一要义，从而支撑其权威性。