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伴随整个改革指导思想的调整和新的发展理念，2006年，中国医疗改革的方向也旗帜鲜明地转舵。
2006年，中国医改最大的亮点是，经过多年的争论之后，党和国家的最高层吸收各方的智慧，为医改的方向定下“政府主导”的基调，这集中体现在十六届六中全会通过《中共中央关于构建社会主义和谐社会若干重大问题的决定》和胡锦涛在政治局第35次集体学习上的讲话。这是中国医改的重要的转折点，将深刻地影响中国医疗卫生发展的进程。
医改在2006年转向，绝非偶然。
首先，2006年医改方向的重大转折，是中国改革指导思想的转变和“和谐社会”理念的直接结果。20多年改革开放的历程，使我们党和政府的执政理念更加成熟。从2002年的“十六大”开始，新一届中央领导集体把中国目前所处的历史阶段——即人均GDP从1000美元增长到3000美元的阶段——定位为“战略机遇期”和“矛盾凸显期”。而在导致“矛盾凸显”的各个方面中，政府职能转变不到位，社会保障体系薄弱，公共产品提供不足是最重要的矛盾之一。医疗卫生负担过重，居民的抱怨最大，又是这所有“矛盾”的重中之重。因此，抓紧改善医疗服务体系，是应对“矛盾凸显期”的最好突破口。胡锦涛在十六届六中全会上讲话指出：“（建设和谐社会要）突出重点，着力解决好人民群众最关心、最直接、最现实的利益问题，找准群众普遍关心的现实问题，一个一个加以解决”。
其次，2006年医改方向的重大转折，也是应对20多年来积累的社会矛盾的一个突破口。医疗卫生事业关系的是人民的健康，当前医疗领域存在的问题，绝非单纯医院或者卫生系统一个部门的责任，实际上是改革开放20多年来多方面积累的社会矛盾在医院的反映：片面追求GDP的发展观导致的环境污染和生态恶化、职业病泛滥、传染病卷土重来，市场监管不力造成的食品卫生问题泛滥，收入分配不平等造成的医疗服务不公平，转型期的社会问题带来的人群生存压力过大、透支健康，等等，这些都在客观上加重了医疗领域问题的严重性。既然医疗卫生成为诸多矛盾的集中点，那么，下定决心破除医疗体制的“疑难杂症”，也就能在相当程度上缓解这一系列的社会矛盾。“以人为本”是本届政府提出的深入人心的口号，而“政府以人为本，人以健康为本”，所以，医改是建设和谐社会的最好切入点。
第三，医改之所以在2006年转折，还因为到这一年为止，正反两方面的经验和教训都已经充分得到了暴露。经过20多年市场导向的改革，在医疗事业总量迅速发展的同时，看病难和看病贵的结构性矛盾不断突出，市场化导向改革的优势已经充分显现，缺陷也充分暴露。可以说，凡是教科书上总结过、其他国家经历过的，自由市场经济的所有缺陷，在中国的卫生领域都表现出来了。正因为如此，对于强化政府责任的必要性的认识，才变得比以往任何时候都要清晰和坚定。
第四，医改之所以在2006年发生转折，也取决于我国已经具备足够的财力。2006年我国财政收入接近40000亿元，比上一年增长8000亿元，这个增长的数字已经超过上世纪80年代一年的财政收入总额。根据估算，即使按照“英国模式”建立全民基本医疗服务体系，每年的政府支出也不到3000亿元，占财政收入的7％。如果说，在20年前百废待举的形势下，我们没有理由苛求政府全面承担起医疗卫生的责任，那么现在提出“强化政府责任”已经是水到渠成。如果说上世纪90年代“再穷不能穷教育，再苦不能苦孩子”，也许，今天到了说“再穷不能穷医疗，再苦不能苦病人”的时候了。建设覆盖城乡居民的基本卫生保健制度是让广大人民群众分享改革成果的最佳方式。
从历史上看，许多国家都把建立覆盖全民的医疗保障体系作为国家战略，作为提高政府威信、维护社会稳定和谐、显示社会制度优越性的重要手段。现在，本届政府选择这一时机推动医改的转折，占天时、地利、人和。
历史是在螺旋上升中发展的。20多年前，我国政府由于财力有限、整个国家缺医少药，而渐渐地把医疗的责任推向个人和市场。20年来，市场的力量促进了医疗事业的极大发展和医疗资源的极大丰富，整体上缺医少药的局面已经一去不复返，从这个角度上说，市场化功不可没，市场化带来的优质医疗资源的扩张，为今后进一步的改革打下了坚实的物质基础。为了应对市场缺陷带来的问题，新医改的方向锁定“强化政府责任”，这不是倒退，而是螺旋式地前进。我们不必担心再回到计划经济时期效率低下的僵化和短缺体制，历史已经前进了一个周期，中国已进入一个新的发展时期，拥有更加成熟的执政理念和能力、更加广阔的国际视野、今非昔比的医疗资源、更加现代化的管理手段，我们一定能建立一个效率和公平兼顾的、可持续的、有中国特色的医疗卫生体系。