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会员注册区域功能与流域布局衔接不足，跨江融合功能不强
在包容性协调中，长三角区域还存在哪些问题？先来看看以下三个不足：
第一，区域规划的互动合作机制缺乏足够的包容性。
规划体系不够健全。《关于依托黄金水道推动长江经济带发展的指导意见》正式发布以来，国家和地区颁布了大量相关战略规划，各地还相应出台贯彻落实意见的实施意见，制定了具体分工方案，但在规划体系衔接上存在一定不足。
比如，各类专项发展规划与国家、长江流域发展规划衔接不足，地方的重要布局与长江流域重大基础设施（如公路、港口、航运建设）、重要资源开发（如水资源、海岸线开发、能源开发）、突发公共事件应急资源（如应急救援物资、救援队伍、避难场所）等衔接不足，地方的区域功能定位与长江流域总体功能布局衔接不足，地方的实施措施与长江流域区域统一的政策框架衔接不足。
综合交通网布局不均。长三角地区具有良好的交通基础条件，但在长江经济带建设中也存在不适应的问题。
比如，长江下游深水航道没有全线贯通，多处瓶颈航道安全隐患突出，江海联运功能难以有效发挥；东西向铁路通道能力不足，过江通道建设滞后，沿江地区综合交通网络尚不完整、结构不尽合理，支撑跨江融合、城际一体化服务功能不强；沿江港口和铁路尚未实现有效衔接，集疏运方式单一，多式联运发展滞后；海运、航空国际航线的资源配置瓶颈制约亟待破解。
长江沿岸港口结构不尽合理。随着长江干线航道治理，长江下游通航能力和航运效益得到较大提升。但是，由于长江港口群发展缺乏统筹规划，发展不平衡、功能分工不合理、结构性矛盾突出，未能从分工协作关系上考虑如何进一步形成整体合力。特别是，由于缺乏统一的规划协调，导致港口建设中存在不合理竞争、重复建设、岸线利用粗放等现象，带来不同程度的岸线资源浪费。
第二，区域市场一体化建设机制缺乏足够的包容性。
大通关建设有待提升。长江大通关体制改革进展较快，实现了长江经济带12个海关通关一体化以及特殊监管区域、保税监管场所出境环节区域通关一体化改革。但在实际实行中，仍存在一些问题。
例如，海关部门和公共平台对接不足，跨区域外贸货物流动受限；海关系统为单一平台，缺少区域性分中心，操作性较差；特殊监管区优惠政策不到位，对外优惠政策较多，对内优惠政策较少；海关查验部门人员编制有限、数量不足，等等。
启运港退税试点有待扩大。启运港退税政策的实施缩短了企业出口退税时间，有效提高了企业资金周转和使用效率，但也存在约束过多、效应不明显等问题。比如，海关要求承运船舶航线必须是直达航线、不能进行加挂，而长江岸线港口一港揽货很难满足船舶积载率要求。此外，在有效防控风险前提下，启运港退税的启运地、承运企业和运输工具等范围也有待拓展。
统一市场体系建设有待完善。比如，自贸区建设稳步推进，但向长三角周边的复制推广力度不足；长三角区域无纸化通关的比例和水平还需提高，上海、南京、杭州、宁波、合肥海关一体化试点可向更多城市或地区推广；在口岸公共信息平台建设中，信息和单证标准化水平有待提高，口岸执法部门信息互换、监管互认和执法互助还存在一定障碍。
第三，区域生态环境协同保护治理机制缺乏足够的包容性。
在生态体系建设方面，缺乏统一规划和统筹实施，生态效益难以得到协同高效发挥。按照“谁受益谁补偿”原则的横向生态补偿机制以及土壤、水、大气污染防治和海洋生态环境保护等法律法规亟待完善，以便强化生产者环境保护的法律责任并大幅度提高违法成本。
同时，长三角区域生态安全屏障较为脆弱，区域环境联防联控联治有待加强。比如，清洁能源替代、煤电节能减排升级和改造、工业结构调整和污染治理、机动车污染防治、秸秆和扬尘污染治理等重点治理工作需加强。又如，地区发展中存在降低产业准入、引入落后产能淘汰、忽视节能环保的情况，相关标准的制定和对接有待进一步强化。