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目前，医疗成本核算方法已由完全成本法向制造成本法转变。完全成本法是把一定期间内在生产过程中的所有变动费用和固定费用都计入成本的方法;制造成本法是把全部费用分为制造费用和期间费用，将变动费用计入产品成本，而将固定费用作为期间成本计入当期损益，最终作为总收益的减项。完全成本法不能反映出产品销售量和存货量的变化;制造成本法注重变动成本的收益，可以正确揭示本量利的内在规律，简化核算工作。鉴于两种方法的优劣，目前西方最流行的做法是用完全成本法编制对外公开发布的基本财务报表，用制造成本法预测保本点、进行短期决策。这种做法称为“双轨制”,但“双轨制”工作量大，会造成一定的浪费。在我国社会主义初级阶段的市场经济条件下，不提倡搞“双轨制”。专家建议日常的成本计算工作应建立在变动成本法的基础上，分别统计变动制造费用和固定制造费用。医院是福利性的公益事业单位，不能单纯追求经济效益，但可以用制造成本法制定目标成本，编制预算。如果将来医疗保险制度实行按病种支付，那么医院就应当测算病种平均变动成本和固定成本，预测保本工作量，加强成本控制。而对于医院的长期投资，如引进大型医疗设备，就需要用完全成本法进行核算。
3 医疗成本核算的重点和发展
我国医院真正将卫生经济学理论和方法用于医院经济管理也只有近10年的时间。对医疗成本核算的重点，多数专家和医院管理者倾向于以下几方面。
3.1 大型医疗设备成本核算 大型医疗设备的检查费用是医院业务收入的重要来源之一，大型医疗设备的引进和利用情况关系到医院经济发展。目前，多数医院把核算的重点放在以下几种设备上：MRI,CT,SPECT、心血管造影机、彩色多谱勒、B超和伽玛刀等。
大型医疗设备成本测算模型主要由以下几个要素组成：每单位(一个检查病历)成本=分类系数×[∑(固定资产原值×年折旧率)+∑(变动成本×分类指数)]。
除此而外，还要制定出科学合理的配置标准，参数涉及折旧年限、工作量、人员配备、日检查例数等。
大型医疗设备的引进属于医院内部的长期投资，其特点是耗资多，变现能力差。如果事先不经过严格测算而盲目引进大型医疗设备，会造成极大的浪费。所以，成本管理应从测算水平提高到成本预测、成本控制和成本评价水平。同时还应将投资回收期、净现值、折旧率等大型医疗设备的成本评价指标与成本预测值进行对比分析，考查投资效益。成本管理必须要经过预算-决策-计划-控制-评价一系列控制反馈活动，才能发挥其管理职能[5]。
3.2 病种医疗成本核算 美国政府首先推行疾病诊断分类定额预期支付制(DRG)，DRG对美国医疗市场诱导需求和医疗费用的过度增长起到了抑制作用。目前还没有一种新的模型可以替代DRG。我国一贯实行的医疗项目收费制度不能完全适应医疗制度改革的要求，国内众多学者对我国推行DRG进行了大量的调查研究，并在北京地区进行了DRG的可行性研究，同时引进医疗资源消耗强度的概念改善DRG的不足，但是目前还没有形成一套成熟、公认的方法体系，而且能否在全国范围内推行DRG还有待商讨。尽管如此，DRG仍是医疗收费制度改革的发展方向。目前使用的病种医疗成本核算方法有历史成本法和标准成本法。有些研究者提出了一种成本估算方法：成本相对值法，即利用部分已经核算的参照项目的实际成本与其未核算项目的成本相对值来推算所有未核算项目的实际成本。对该方法的进一步验证和评价工作还未见展开。