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例如，“税款节约额”指标就不可单独使用。首先是税种不同，节约税款的绝对额之间缺乏可比性;其次是节约税款的绝对额与经营规模不挂钩，也难以此准确辨别方案的优劣;第三，节约税款的绝对额与纳税人的总体收益并非正相关。在通常情况下，税负下降反映为企业利益增加，但在某些情况下，结果可能相反。前述的发行债券和发行股票两种筹资方式的税收筹划举例即可说明问题，纳税多的方案比纳税少的方案获利多。由此可见，“税款节约额”指标虽然非常直观，但运用效果较差。
再如，“税收负担率降低值”指标，虽比“税款节约额”指标有所进步，考虑了不同税种之间和规模大小之间的可比性，但同样因为该指标与纳税人的总体收益并非正相关，故不能单独以此来判别何种筹划方案能给纳税人带来总体利益的最大化。不过，如能改变一下“税收负担率”的计算方法，则“税收负担率降低值”将会成为一个不错的指标。根据马克思 政治 经济学经典公式，W=C+V+M.笔者认为，在 社会 主义市场经济条件下，税收(不论是何税种)在本质上体现为对社会剩余产品M的分配，税收是M的一部分，M=税+利。因此，完全意义上的税收负担率，应是指纳税人负担的税收占纳税人所取得的M的比率，即占税利合计的比率，亦即：税收负担率=税额÷M.或者改写为：综合税收负担率=总税额÷(总税额+总净利)。如此，“税收负担率降低值”指标与纳税人总体收益的相关系数将会大大提高，从而也会大大提高它的 应用 价值。
第三，“净利润增加额”指标不仅直观性较强，而且也涵盖了税负和盈利等诸因素的变化结果，故具有一定的合理性，在许多情况下，该指标可以单独使用。不过，该指标尚不能全面反映投入产出的 经济 效益情况，因而也存在一定的局限性。例如，2003/05/06《 中国 税务报》刊载的《来料加工、进料加工如何选择》的税收筹划案例，其大意是：某公司从事对外加 工业 务以及国内销售业务，对外加工出口A产品，A产品国内成本构成总计为：国内材料成本1000万元，国内其他成本4000万元(工资、折旧等无进项税金)。(1)该业务采取进料加工方式时，A产品当年出口销售收入17000万元，加工A产品进口材料成本(海关核销免税组成计税价格)10000万元，当年应退税额150万元。适用“免、抵、退”出口退税政策，进料加工出口货物免、抵的增值税不征收城建税、 教育 费附加，A产品征税率17%，出口退税率13%，城建税税率7%，教育费附加费率3%.(2)该业务采取进料加工方式时，加工费免征增值税，出口货物耗用国内材料进项税金不得抵扣计入成本，A产品当年加工费6500万元。根据上述资料 计算 ，进料加工利润为1796万元，来料加工利润为1330万元，进料加工比来料加工多获利润466万元，因而该公司应选择进料加工方式。上述案例的筹划方向和取舍标准基本是正确的。可惜忽略了一个非常重要的因素——资金投入。进料加工方式虽然获利较多，不过要以投入数额较大的流动资金为代价。仍依前例，加工A产品进口材料成本10000万元，按流动资金周转2次/年计算，约需配备5000万元流动资金。那么，该公司有这笔资金吗?如果有，是否有资金收益率更高的项目可投?总之，还有许多变数。于是，前例税收筹划方案的建议就未必正确了。
为了解决税收筹划中评判指标欠准确的问题 ，可以引进“资金利润率”指标。例如，按照前例，假设皆按年周转2次、以成本来匡算流动资金需求量。采取来料加工方式时，约需流动资金5170÷2=2585(万元)，资金利润率=1330÷2585×100%=51.45%;采取进料加工方式时，约需流动资金15280÷2=7640(万元)，资金利润率=1796÷7640×100%=23.51%.因此，根据资金利润率指标提示，前述税收筹划方案的取舍建议不可取，因为采取来料加工方式比采取进料加工方式可获得更高的资金收益率。于是，新的决策建议是：(1)如果公司的资金不足，则毫不犹豫地选择来料加工方式;(2)如果公司的资金富余，且能扩大来料加工经营规模，则仍应首选来料加工方式;(3)如果公司的资金富余，但不能扩大来料加工经营规模，而富余资金可投向资金利润率大于23.51%的新项目，则仍应选择来料加工方式;(4)如果公司的资金富余，既不能扩大来料加工经营规模，也无资金利润率大于23.51%的新项目可投，则应选择进料加工方式。
税收筹划作为我国改革开放、发展社会主义市场经济的产物，它的历史并不长，出现某些缺陷或问题也在所难免。本文以上所罗列的问题，只是其中的一部分。这些问题，有的属于理念上的痼疾和偏差，有的属于 方法 上的不足。这些问题不解决，税收筹划就会陷入误区。因此，有必要吁请有关专家、学者和实际工作者们，从 理论 和实践的结合上，关注、 研究 和解决税收筹划中已经出现和将会出现的各类问题，以促进我国税收筹划活动沿着正确的轨道健康发展。