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第三，数字鸿沟问题。“数字鸿沟”又称“信息鸿沟”，指当代信息技术领域中存在的差距，简言之就是对信息的掌握、拥有、控制和使用能力上存在的差别。在我国，由于“条块分割”以及地区发展不平衡等原因，要全国齐步走发展电子政府是不现实的。它既存在于信息技术的开发领域，也存在于应用领域，特别是由网络技术产生的差距。作为电子政府的发展的重要一环，信息资源处于十分重要的位置。如果不能做到居民普遍上网，那么电子政府只能是为少数人提供了方便和服务，因而强化了社会的不均。
第四，法律立法滞后。法律和法规是保证电子政府有序进行的基本力量。电子政府的实质在于制度创新，意味着政府在工作内容、工作方式、工作程序、组织形式等方面都将面临全新的变革。而这些仅靠政府自身的努力还不够，必须要有法律的保障。我国在电子政府立法方面显得较为滞后，许多方面基本还处于空白，如对电子签名、电子支付等法律问题还没有详细的、可操作的法律、法规，一定程度上阻碍了电子政府的发展。
第五，安全隐患。政府网络是一个庞大的网络，由于使用人员众多，技术水平和安全意识又千差万别，安全漏洞很多，如果对电子政府安全缺乏正确的认识，片面地强调信息安全的重要性而忽视电子政府的实际作用，必然会与电子政府的发展要求背道而驰。在我国的不少政府机构，在考虑电子政府安全问题时，存在着三种不正确的安全观：(1)把政府安全看得过分重要，花很大的代价购买信息安全的设备，限制社会公众的访问。这种做法必然会降低电子政务的效果;(2)认为过多地向社会提供有关政府的信息会使政府工作陷入被动，因此，在具体实施过程中，会以强调信息安全为由“截获”了本该向社会公开的有关信息;(3)信息安全是技术问题，只有依靠相应的技术才能防范。实际上，国内外很多信息安全事故都是人为造成的，要防止这类事故的发生，必须从信息安全法律、法规的完善等方面入手才能起到标本兼治的作用。所以说，在对待电子政府的安全问题时，既要保证电子政府系统“足够”的安全，又要坚持“适度”的安全。
第六，人才缺乏。建设电子政府是一项长期而艰巨的系统工程，需要有一个稳定的组织管理机构和一支懂技术、会管理的公务员队伍。从目前我国公务员的整体素质和信息技术应用能力来看，形势不容乐观。因此，既要有熟悉计算机业务的专门技术人员，更需要熟悉新经济、懂法律、会管理，既精通机关业务、又掌握现代信息技术的高素质、复合型人才。但是，目前政府最缺少的正是这一类人才，这与目前加强政府信息化建设的大趋势不相符。