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·组织资源共享的管理模式，实现资源优化配置
组织资源的使用效率和效益，决定着企业最终的资产收益。矩阵管理模式使得组织资源能够在不同的产品和服务之间灵活分配，这样组织也能够适应外部不断变化的环境和客户需要。从人才培养角度来看，在这种模式下工作的员工也能获得全面的培养，可以接触到更多的业务和职能，相对直线职能组织下的员工可以在较短的时间内获得全面的培养与锻炼，对于人才的培养也是一种很好的方式。
·多向、多纬度检查与监控，可控制相关风险
矩阵管理模式具有多向多纬的流程线、汇报线和相应的控制线，这种模式如运用得当可有效地防止一个人拍脑袋说了算的现象。在国内一家建筑工程公司，以前重大合同往往以业务部门的意见为主，一定业务量以下的合同最后往往是主管业务副总裁来拍板，制度上的缺陷引起许多漏洞，也让人有犯错误的机会，当纪律检查委员会发现时，主管业务副总裁问题已经十分严重。后来该公司在业务决策中引入矩阵管理模式，实行多纬度的监控与检查，有效杜绝了相关问题，控制了项目风险。
矩阵管理的缺点
矩阵管理像一枚硬币，上面看的仅仅是硬币的一面，组织具有柔性、可扩展性和资源共享的同时，硬币还有另外的一面，要达到以上的优点也需要许多的管理成本与条件，如果处理不好，矩阵管理的优点也会转化为缺点。一般来看矩阵管理有以下几个方面应该值得应用的企业引起重视：
·沟通机制显得十分重要，管理成本可能会加大
矩阵管理相对比较复杂，会产生其它组织没有的管理情景，比如：双重汇报、双重角色、双重控制、双重评估等，有时可能还会出现多重的情况。在矩阵管理模式中，由于一个员工可能同时会有几个上司，各个项目可能在同一个职能部门中争夺资源;比如一家外资医药公司，在中国采用的是矩阵管理的模式，这种模式给公司带来控制良好、灵活响应、信息顺畅、管理透明等同时，也出现了管理成本增加，一线员工要向多个部门沟通，多头管理、多头汇报产生扯皮现象，影响组织效率。
·权力真空现象，可能会出现人才浪费
在矩阵管理模式中，经常会出现一些横跨多个部门的职能团队，这些团队灵活、高效，由于这个职能团队的成员来自多个部门，各自有不同领导者，作为整体的职能团体同时又受多头上级管制，在这其中最经常出现问题就是不同部门及上级的过多干预导致团队有责无权，出现权力真空的现象。比如一家国际知名的IT企业是国际上典型运用矩阵管理的企业，出于人事方面的考虑，该公司空降一位高管成为大中华区总裁，原先的中国区总裁被剥除了财政、市场、销售、人事等重要的企业管理职能，最后其中国区总裁选择了离开，高级人才的离开同时又带走了部分业务骨干，对公司的发展造成一定的影响。
·各产品与区域机构分化倾向,可能形成内耗
在矩阵管理模式中,许多企业会以各产品部门或各区域中心作为一个利润中心来考核，比如考核的指标有销售收入、利润、费用等财务指标，也会有市场占有率、收入增长率等相对性考核指标。在这种模式下，如果考核沟通反馈机制处理不当，各中心往往会追求其自身利益的最大化，而非公司总体利益最大化。中国有一家大型的电力配套设备民营企业在实施矩阵管理中，尽管有了矩阵管理的组织架构，但在实施中由于考虑到各地分公司权力太大，最后还是中止了矩阵管理模式，回到中央集权的模式。
以上各方面的存在并不能就此否定矩阵管理模式的优势，关键在于客观的分析其优缺点，并结合公司自身的发展阶段和所处的特定环境，针对特定的问题，如何合理地采用，并加上其他配套机制的支持。