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定额计价调整大，报价宗旨没体现。实行工程量清单报价初期，部分发包方和投标方在短期内习惯采用定额计价，按照工程项目内容、部位、性质进行概括，将相同的工作内容合并，对不同的项目内容实行控制量、放开价，由企业自主报价，最终形成完全竞争的投标报价。这种形式与以往的完全采用定额及配套文件计价是不同的，这样的综合单价作为工程结算的依据是不能变的。这种计价方式只是参考计价定额直接费，不受其配套文件的影响。但是，由于这种方法内容调整大，改变了定额规定的计价方法，在实际操作中仍沿用原来的定额计价模式，工程量清单报价法的宗旨没有得到充分体现。
个别发包权力大，形成垄断价格。由于个别发包方权力过分集中，大事小事一个人说了算，排斥竞争，招标流于形式，工程量单价可能远远高于成本价或定额价，获取高额利润，形成垄断价格;也可能按发包方或受委托的中介招标机构提供的工程量清单，企业低于成本价来投标;或企业为抢占市场，为创信誉，为公司长远利益不求短期利益，以成本价确定投标报价，这些情况都严重影响了市场的规范运作。
工程量清单改进的措施
完善法律法规，改进招投标规则。维护招标人的合法权益，促进建设工程招投标的改革，尽快建立和完善相应的法律法规，修改建设工程招投标实施细则，完善评标办法，以此规范工程量清单行为更加完善、科学、合理。原有的办法中，“报价在审定标底价3%至～5%以内为有效报价，否则，自选脱标。”“各有效报价加审定标底的算术平均值，为评标标底，为评定工程报价分值的依据。”等条款已不能适应清单需要。应当借鉴国际惯例，实行在严格资格预审的前提下，采用最低价中标，除非有充分理由认为其低于成本价的评标原则。
建立履约保证金制度，实行市场清出制度。建立履约保证金制度，在签订施工合同后，业主按工程造价一定比例，由各中间方或发包方交纳履约保证金，一旦业主恶意停工或有严重质量问题，不履行合同，保证金不予退回，防止恶意降低标价中标。同时，有关部门要给业主建立档案，有严重问题的业主和企业，将被列入“不良名单”，定期公布，达到一定次数，吊销企业资质，承包者终身不得从事本行业。
确定工程合理低价，保证最低价中标有效。根据建设部规定的工程量计算规则和工程量消耗不实之处，参考有代表性的施工企业定额，按照设计施工图，计算工程量清单，再根据人工、材料、机械台班的市场综合单价，计算出工程成本价，并在工程成本价的基础上，考虑一定的利润，确定工程合理有效的价格。
调整改革计价费用，打破低水平竞争。定额的法定性限制了市场价格的形成，调整和改革计价费用项目划分，促使投标人在“竞争费”上做文章，充分体现企业管理和技术创新，打破低水平竞争。
工程造价管理深化，保障清单实施效果。工程造价管理部门应继续发挥作用，及时收集、整理和公布有代表性的已成形或竣工项目的工程造价信息，为其他工程提供报价参考，定期公布指导性的人工、材料和台班单价，保障工程量清单的实施公平合理。
引导企业自身提升，促使清单合理有效。政府投资和国有企事业单位投资的项目实行强制招标制度;业主有招标能力的，由业主自选组织招标;业主没有招标能力的，可委托中介代表业主实施招标;或者将工程招标到工程结算全过程造价管理委托给信誉好的中介。引导施工企业编制体现自身水平、素质的企业定额，加强成本控制，提高成本管理水平，适应市场经济下的清单计价模式，使工程量清单招标与国际通用准则全面接轨。
培育发展中介机构，建立统一游戏规则。招标代理作为中介服务机构，要维护招标人和投标人双方的合法权利。培育和发展社会中介机构，建立起统一的游戏规则，充分体现工程量清单招标的全面性、准确性、合理性，同时加强后期培训力度，适应市场的不断变化。
相对于现行招投标方式，工程量清单能够更准确地反映工程的实际成本，满足招投标竞争定价和经评审合理低价中标的要求，有利于通过公开的竞争形成工程造价，同时从技术上便于规范招投标人的行为，避免“暗箱操作”，增加透明度。施工企业之间的竞争日益激烈，企业为了生存，就要通过技术革新，加强管理降低成本，增强自身的竞争力，采用工程量清单将为企业铺出一条公平竞争、合理竞标的新路。