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虽然在现实困难很多，但是要想避免日后发生矛盾，清除这一主要的矛盾根源，甲乙双方一定要在需求分析阶段下足功夫，要有啃硬骨头的精神，不怕繁，不要急，认真沟通协商，千万不要以为只是“纸上谈兵”，急于冒进。一个高质量的需求分析，是项目后续阶段的基础和依据，是减少纷争以及项目成功的关键。
减少软件项目纷争的一个重要控制措施是建立严格的变更控制制度。项目进行过程中，项目的环境和条件在不断变化，导致需求和范围也在变，有增、有减也有修正。一般上变更对项目都有影响，有时影响是巨大的，严重的，所以变更必须控制。严格的变更控制制度要求甲乙双方的项目经理对每一次变更的必要性和影响评估必须充分论证，并正确认识到变更的影响，正式签字确认。这样可以有效的抑制变更的随意性、变更频度、减少对项目正常实施的干扰和影响，可以避免因变更随意性或项目失控所引发的纷争。
减少软件项目纷争的一个最有力手段是及时良好的沟通。合同一旦签订，甲乙双方就是“同一战壕的战士”，为的是项目成功这一共同目标。项目发生矛盾和困难不可避免，但如果双方能够相互理解、充分沟通、精诚协作，问题是可以解决的。如果只顾自身利益，不懂得合作与妥协，只能两败俱伤。为了达到及时沟通，最好甲乙双方等项目干系人组合成立一个PMO（项目管理办公室），定期举行项目实施会议，依据制定好的时间基线和质量基线实时监督项目进度、质量等目标的实现，发现机会或偏差、认真查找问题、立即采取利用或补救措施，化解矛盾纷争，或扼杀矛盾纷争于萌芽之中。
减少软件项目纷争的一个重要的保障措施是做好风险预算。一旦发生矛盾，必须控制和处理，一般要产生费用，如果没有资金保障，矛盾和纷争难以解决。一种是确实因为自身责任问题产生的矛盾纷争，必须支出进行补救或赔偿的，才能够消除和化解；一种是未能确定责任主体，需要借助其它工具手段或第三方来认定的，也需要暂时为鉴定付出代价，比如项目验收时需聘请第三方评估机构，如果没有资金预留很难执行。这两种情况一般会从风险预算中支出。有一些建设单位（甲方）由于缺乏项目管理经验，在建设初期忽视了这份风险预算，那只能选择成本低的谈判方式，但这种单一方式有时并不能有效地解决问题，而是陷入了无休止的谈判僵局。
减少软件项目纷争的一个关键步骤是合同中拟定的验收约定。项目矛盾纷争在短兵相接的验收阶段集中爆发，如果对该阶段事先拟定详细、清晰、平等的约定，是避免项目验收纷争的关键。目前的建设市场是买方市场，甲方占强势地位，验收是其制约项目的 “杀手锏”。如果在合同签订之时，同时约束了该“杀手锏”随意的权力，不致于因双方地位失衡而产生纷争，不利于项目验收阶段的顺利进行。
要约束甲乙双方权利的主观随意性，必须在验收约定中，条款应尽可能详细清晰，具有可操作性。应该避免诸如“大问题不可验收”、“小缺陷可以验收”“部分验收”“其它”等模糊描述，而是应明确定义好何谓“大问题”、“小缺陷”“部分”等具体规定，如“大问题”包括1234567种情形直至可操作为止。有必要的话，还可以制定系统验收评价指标体系，给能够预知成果和风险设定分值和权重，这样大大减少因主观认识发生的误差。
再有，条款的约定应平等公正，甲乙双方的权力和义务必须对等，对事情的处理必须公正公平。比如，对乙方逾期未能完工的处罚，当然是甲方接受完工申请后未能及时组织验收的也应处罚；甲乙双方对聘请的验收专家都有质疑的权力，可以请第三方公正的质量评估机构参与，等等。
总而言之，要想减少软件项目建设中纷争，甲乙双方保持信任合作的态度，密切沟通和协调是必不可少的。关键还在于对项目进行科学又艺术的项目管理，能够及时有效的避免、控制和消除化解矛盾，减少纷争。