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1.一种可能是信息系统促使组织扁平化，从而为减少不必要的管理人员(尤其是中层管理人员)创造了技术条件。因此造成中层管理人员对信息技术应用的不满，而恰恰是中层管理人员在信息技术应用成功与否之中扮演了关键角色。信息技术的应用也会导致某些部门的权力上升，而某些部门的权力下降，从而改变组织内的权力结构。诚然，在一般情况下引起组织变革的主要原因并不是信息技术的应用，但信息技术却往往确实扮演了“助推器”的作用，结果是利益受到损害的员工会自然地将不满发泄到他们看得见的原因——“计算机系统代替人工”之上。
2.另一种可能是信息技术的应用改变了原有的工作流程，造成组织整体结构的变革，从而导致产生新的部门，某些部门的职能消失。例如在IBM信贷公司进行流程改革的过程中，数据库和网络技术的应用使得专门的信贷审核部门的功能由营销人员和若干咨询专家所代替;克莱斯勒公司改革应付款项工作流程的结果导致了应付款工作部门的消失。由于信息技术的应用经常与工作流程改革联系在一起(从另一个方面说，许多成功的工作流程改革确实也得益于信息技术的应用)，因此在许多情况下由于工作流程改革而被触及利益的团体或个人会一并反对信息技术的应用(但相反，如果不涉及组织业务和管理流程的改革，许多信息技术的应用项目又无法取得应有的成果)。
3.甚至是信息技术的更新换代也有可能引发组织整体的变革。例如企业信息网和数据仓库技术的应用使得组织内部可以共享所有与组织有关的信息，以往由于部门数据库的存在而形成的各部门的信息的垄断被打破，而信息的垄断在许多情况下是权力的来源之一，信息垄断的打破必然造成组织内权力的再分配。其结果有可能增加上述技术推广的阻力，或者出现尽管从技术上完全有能力实现信息共享，却在实际上又附加相应的行政规定以阻止信息的共享(有时这种规定甚至以“计算机信息安全保护”的面目出现)。
第三，开发策略的选择将极大地影响未来应用的支持和控制体系，也会在很大程度上涉及相应的资金投入、人力资源政策和审计政策。一般的方式有自行开发、外包和合作开发三种形式，但各种形式均存在各自的风险。
1.自行开发是指基本上依赖组织自身的管理、业务和技术力量进行系统设计、软件开发、集成和相关的技术支持工作，一般仅向外购置有关的硬件设备和支撑软件平台(如操作系统、数据库管理系统、通信软件等)。自行开发的风险主要在于：
(1)技术选择：一个组织在应用IT时不可能对其所需要的所有技术均相当熟悉，自行开发可能导致组织采取一个并不适当的技术架构(如数据分布方式、存储处理方式、通信结构等)。
(2)资金投入：自行开发所需的资金投入并不必然小于外包方式，在计算资金投入时不仅应考虑直接的设备、人员投入，还应考虑投入的机会成本、人员培训成本等，一般来说，专业的IT公司由于存在一定的规模效应，其承担同样技术要求的任务的成本一般小于非专业组织的IT部门;同时由于组织内部的IT部门缺乏竞争环境，其提交的资金预算有时反而比专业IT公司高。