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(4)成熟的物流企业会采取网络化运营模式，但目前很少有物流企业能以合并纳税的方式计缴企业所得税。为了避免不能与下属企业盈亏相抵而多缴所得税税款，物流企业常以挂靠方式进行异地设点，这造成了货运市场的混乱。另外，托运方依据自身需要会与物流企业签订物流全程化合约，而该物流企业出于自身网络覆盖和经济效益的考虑，一般只操作其较为擅长的业务环节，并将相对薄弱的业务环节转包给其他物流企业。在此情况下，初承运方需按照全程化合约确定的所得额纳税，分承运方则需按照分包协议上确定的所得额纳税，这造成企业所得税的重复计缴。国家税务总局《货物运输业营业税征收管理试行办法》规定，对自开票纳税人的联运业务，以其向托运方收取的运费及其他价外收费减去付给其他联运合作方运费后的余额为营业额计征营业税。但是，在企业所得税的计算上尚无类似规定。因此，物流企业为了避免多重计税，宁愿为托运方凑足发票数额以便其抵扣和做账而肆意借票。这扰乱了发票管理工作的正常进行。
二、成本核算中存在的问题
有关资料显示，我国公路货运的空驶率多年来都保持在50%左右。这反映了一些物流企业因自身缺乏合理、有效的组织管理体系而加大了经营成本。但是，有些物流企业为了降低空驶率，在承揽运输业务后，依据自身网络覆盖情况，将部分业务转包给其他物流企业经营，并将相应的转包支出作为配载成本进行账务核算，同时，利用配载环节及承接转包业务的其他物流企业来套取现金、虚增经营成本。
另外，受客观因素的限制，物流企业实际发生的经营成本中常包含一些无法取得合规凭证的支出。如支付装卸工、搬运工等临时人员的劳务费，租赁民房用做仓储设施支付的租赁费等。因与自然人发生经济往来而使得物流企业无法依据合规凭证将有关支出进行账务核算，若到税务部门开具临时发票又使物流企业额外增添一笔税款支出，相比之下，物流企业更愿意买发票使此类支出的入账合规化。这也促成了代开票公司的出现。
三、应采取的措施
现代物流业是公认的朝阳产业。正如摩根斯坦利亚太投资研究组在《中国物流报告》中所言，我国每年的物流费用超过2 000亿美元，预计未来10年内物流服务收入将有20%的增长幅度。巨大的市场潜力意味着物流业在我国有着良好的发展前景。但上述问题的存在，却有碍于物流业的健康发展，因此有必要加强对物流企业的监管和规范。
1.明确界定我国物流业的内涵和外延。虽然有关现代物流的理念在我国已存在多年，但事实上，理论界至今仍未就如何定义“物流业”达成一致意见。同时，应加快行业标准化建设的步伐，避免因行业标准化工作的滞后所造成的类似物流企业与税收征管部门之间在认定业务类别时各执一词等问题的出现。
2.实施有利于物流企业发展的相关政策。由于物流资源涉及多个行业，因此必须打破现有分行业、分部门的管理体制和政策环境，实现跨行业的资源整合。尤其是税收政策的制定更应体现出鼓励物流业务“集零为整”、促进物流企业发展壮大、提升物流企业供给能力的政策导向作用。若物流业务无法整合，则不能降低物流企业的经营成本，也就无法提高物流企业的经济效益，既不利于我国大型物流企业的产生与发展，也不利于提升本土物流企业的市场竞争力。
3.应加强对运单等非发票凭单的审核和管理。运单作为承运方与托运方之间极为重要的经济交易凭证，通常详细记载了经济业务发生的时间、地点、货品、金额等约定事项。因此，无论承运方与托运方是否就约定的经济业务签订定期运输合同或一次性运输合同，运单均被视为货物运输合同成立的凭证。加强对此类非发票凭单的审核和管理，将有助于确保物流企业财务核算的真实性及减少国家税收的流失。