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一是如何恰当处理审计成本和风险的关系问题。破产审计涉及面广，问题复杂，工作难度大，时间长，风险系数大。如何正确处理二者的关系，是困扰审计人员的一个难题。因为破产审计比一般的会计年报审计难题多，风险大，面广时间长，而收费基本一样，如何在保证质量，避免风险的前提下，缩短审计时间，提高工作效率是很难掌握的。而草率了事，盲目赶进度，无法保证审计质量，不仅有损注册会计师的信誉，而且潜伏着风险。
二是收益与服务匹配问题。实际工作中、大家群策群力，想了不少办法，例如将货币资金、存货及固定资产等实物移交与实物审计相结合，债权债务清理与审计相结合，交接双方与审计鉴证三者一起共同工作，边清查实物，边交接，边审计鉴证，避免了不少重复劳动，提高了工作效率和审计质量，但杯水车薪，难以从根本上解决问题。笔者认为，为了确保审计质量，减少风险，服务与收益应当匹配，审计收费应当作相应调整。
三是注册会计师参与清算组工作是否恰当的问题。实际工作中，法院通常要指定一名注册会计师参加清算组，在破产审计工作完成后，参加清算组继续工作。这样做是否影响注册会计师独立、客观、公正地执业的问题。笔者认为，注册会计师先参加破产审计，再参加破产清算工作不妥，有可能影响注册会计师独立、客观、公正地执业，不宜一人先后参加破产审计，破产清算两项工作，最好一人只参加一项工作。
四是注册会计师参加破产清算工作。应是有偿服务，不能挤占审计服务费用。
五是披露与补正问题。有的人认为，为了减少审计风险，提高审计工作效率，对审计中发现的错漏，不作账务调整，只在审计报告中披露就行了。笔者认为，具体问题应当具体分析，不应一概而论。例如，在破产审计中发现，其他应收款中有两笔三年以上的呆账：一笔是被审单位上交中国XX学会市场协会的注册费500元，一笔是被审单位车辆因损坏公路被县公路派出所罚款750元。理应早就列入有关账户转销。对这两笔呆账就不能不作账务调整，仅作披露了事。像类似实际已经发生的费用，不在账务上加以补正，就会致使债权和盈亏失真，出具的审计报告就会有缺陷。