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针对功能性预算的缺陷，在借鉴国外经验的基础上，考虑到实际情况，我国公共支出的预算改革目前应以完善部门预算为主，创造条件逐步推行零基预算，最终实现绩效预算。2000预算年度的部门预算编制改革，所有中央一级预算单位都试编了部门预算，但只选择了教育部、农业部、科技部、劳动和社会保障部四个部门上报全国人大审议。按照全国人大预算工作委员会的要求，2001预算年度要编制27个部门的部门预算，并上报全国人大审议。上报内容、上报形式也要改进，要在上报原有功能预算的同时，将27个部门做成一个汇编本的部门预算一并上报，并力争在优化报送质量上更进一步。2001年向全国人大报送的部门预算，力争做到既能反映27个部门的预算全貌，又能反映出各部门不同的特点，既包括中央财政安排的预算拨款安排的项目，又包括部门用预算外资金、政府性基金和单位自有收入安排的项目，在规范和细化预算编制上做更大的努力。同时，要加紧进行定员定额和项目预算试点的工作，科学合理地确定各部门的定员和经费定额，改变传统的“基数法”，为实行零基预算创造条件。我国现行政府预算收支科目的基本框架，是建国初期适应计划经济体制下财政预算管理要求建立的。几十年来，随着改革开放的不断深入和社会主义市场经济体制的逐步确立，这种分类已越来越不能适应财政管理与改革的需要。为适应建立社会主义市场经济体制和加强预算的需要，需要改革现行政府预算科目，建立新的政府收支分类。新的政府收支分类体系应包括部门分类、功能分类、经济分类三个部分。部门分类主要明确资金管理责任者，解决“谁”的问题;功能分类主要反映政府支出的功能，明确“干什么”;经济分类主要反映收入和支出的经济性质，明确收入的具体来源和支出“如何使用”。初步的收支分类改革应包括预算内收支，积累经验和时机成熟后将预算内收支、预算外收支及政府行政事业单位的自有收支等都纳入政府收支分类范围。根据政府职能进行的功能分类，反映政府一般公共服务、国防、公共安全、教育、社会保障、等政府职能，体现政府一定时期内的方针政策、支出结构和资金的使用方向、。按经济性质设置政府收入经济分类和政府支出经济分类，并将各类收支充分细化，以反映政府收入和支出经济要素的构成情况。这项改革是规范财政预算管理的一项重要基础性工作，它不仅为预算编制进一步细化，零基预算、综合财政预算、国库集中收付制度、政府采购制度等一系列财政预算改革的顺利推行创造有利条件，而且也为依法治国、强化预算监督、有效实施宏观调控打下良好基础。考虑到我国的具体情况，在人员、技术和思想观念转化方面尚不具备全面实行绩效预算的条件，现实可行的是在公共投资领域选择试点，为最终实现绩效预算创造条件。
三、构建公共支出预算体系的条件：完善国库集中支付制度，健全政府采购制度和规范转移支付制度。
1、完善国库集中支付制度。国库集中支付制度就是将现行的国库分散支付制度改为国库集中支付制度,其核心是实行国库单一账户，取消各预算单位在银行多头开立的帐户,即实行”零户统管”,只有财政代表国库的账户与单位对口。国库集中收付制度分为集中收入和集中支付：集中收入就是单位的预算内收入直达国库，预算外收入直达财政专户：集中支付就是单位需要的钱由国库直接拨付，人员经费(工资费用)委托银行支付，所需的设备、办公用品及服务，由政府集中采购进行分配。集中收入是统一预算编制的要求，集中支付是严格预算执行的要求。长期以来，吃皇粮的人的工资发放是采取“年初预算切块，资金层层下拨，单位发放到人”的松散管理方式，在这种方式下，一方面造成吃空头现象，乱增加发放项目，擅自提高标准：另一方面存在工资发放不及时，甚至被挤占挪用的问题：还由于行政事业单位账户过于分散，加上层层下拨，占用了大量的资金，产生使用效益差的问题，因此有必要推进工资发放银行化，由财政部门根据各单位人员编制和工资发放标准，将工资划转到银行统一发放，从而有利于实现对财政资金流向、流量的全面监控，进一步规范财政支出管理，强化预算约束，切实提高财政的宏观调控能力。