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就上述存在的问题，建议如下：
1.建议上级财政部门根据“三农”工作的需要，按照“撤、并、转、增”的原则尽快对农业财政专项资金的结构进行调整，并简化农业财政专项资金的设置，减少资金设置项目，加大资金规模，集中资金办大事。同时，整合农业财政专项资金的管理部门，由财政部门的一个部门集中管理，克服“散”、“乱”、“小”、“重”的现象，发挥规模效益。
2.由于各地经济发展水平不一样，财力状况有明显差别，建议上级财政部门根据“分类指导、区别对待、重点扶持”的原则，制定相关农业财政专项资金管理办法。对经济条件较好的地区，给予政策支持，使他们通过市场吸引农业和农村发展资金;对经济欠发展的地区，在资金分配上给予重点倾斜，以促进经济欠发展的地区的农业和农村的发展。
3.建议上级财政部门对农业财政专项资金的项目安排、资金分配和拨付，应早谋划、早安排、早下拨，以适应农业生产季节性特点，尽可能发挥财政专项资金的使用效益。
4.建议上级财政部门结合“三农”工作需要和现有实际情况，自上而下地整合农业财政专项资金，经整合后再分配下达有关地区，以发挥资金的拳头作用，切实提高资金的使用效益。
5.因经济欠发展地区的财政十分困难，特别是乡镇财力有限，建议上级财政部门在安排农业财政项目和资金时，区别不同情况，对经济欠发展地区安排的项目，取消地方配套资金的规定。
6.建议上级财政部门建立严格的、可操作的农业财政专项资金监督检查制度。对农业财政专项资金进行事前、事中和事后全过程的监督管理。定期开展农业财政专项资金使用管理的专项检查，检查的形式应采取异地互查的方式，以避免自己查自己等于不查或查而不处现象的发生。对查出的问题应坚决按有关规定进行严肃处理。只有这样才能避免或杜绝挤占、挪用农业财政专项资金问题的发生，确保资金安全运行。