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公司组织结构的设计当然是从利润最大化、快速满足客户需求等企业目标出发，如何来优化企业运行当中的物流、资金流和信息流。
为了更形象地说明这一点，就以XX集团为例。在XX集团各子公司的设计和分工上将子公司分为四大类：研究院、制造公司、采购公司和销售公司等，包括供应链上的产品开发、原材料供应、生产制造、销售和分销等四个环节。为简化组织结构的设计，笔者认为在采购公司、销售公司暂时不要走物流(即库存)，先在制造公司实施完整的物流系统，等一期实施完毕再实施采购公司和销售公司，这样可以简化ERP系统中有关物流的设计，减少供应链上的供需循环，减少信息流的传输途径，并有利于减少库存量，降低供应链的“牛鞭”效应，使供需信息和库存信息更透明。
五、重点关注影响ERP系统集成的控制参数，而不是分散的计划和控制数据
ERP系统的最大优点是其信息集成的特点，某些系统控制参数的设计影响着业务流程和信息的集成，项目实施过程中必须给予重点关注;另一方面，为了扩大ERP系统的使用面和使用功能，软件公司在开发和设计ERP软件时，在集成功能的基础上往往还会开发出一些对个别部门或许有用的小功能，这些小功能对某些行业可能有用，而具体到某个企业却不一定实用，过分注意这些小功能的实施和使用，会分散项目组的实施精力，延长项目实施周期。
ERP系统的设计和运行主要有两条主线：以管理会计为核心的物流、资金流的集成和以供需平衡为核心的物流、信息流的集成，在实施ERP系统时，也主要是关注影响这些业务集成的控制参数。
六、只记录关键的交易数据
ERP系统并不是一种即插即用的解决方案，无论是实施、升级、集成，还是弃用，都不是一件很容易的事情。在企业信息化过程中，不是说信息越集成越好，一般来讲，越集成的信息系统越难实施和使用。另一方面，随着企业业务的发展，系统中记录的业务数据每天都在增加，对硬件的要求也越来越高，只记录关键的交易数据可以减少数据的记录量和存储量，降低企业信息化过程当中的硬件投资。