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同时，我国医药生产企业、商业批发企业还没有形成统一的药品标准编码，无论是工商企业、医疗机构自行设计的编码，还是解放军总后卫生部等各种机构设计的编码，均是自成体系，因而只能在各自的系统内使用，不同领域之间情报不能传递，相互之间不能兼容，妨碍了系统物流管理的有效实施，造成信息处理和流通效率的低下。
医药流通领域整改势在必行
现代流通企业必须通过业务的整合和流通配送环节的优化来提高企业的运作效率，而我国现有医药流通企业在流通组织规模化、营销地区全国化、流通技术和设备科学化、经营行为规范化等方面，同欧美发达国家相比差距很大。多数医药流通商业企业缺乏市场开发和市场服务能力，这阻碍了医药流通企业向规模化、集约化方向发展。因此，我国医药流通领域整改势在必行。
首先，医药流通企业重组联合逐渐成为趋势。据悉，国家有关部门拟利用5年左右，通过市场化形成一批跨地区、跨行业、跨所有制和跨国经营的大型医药商业集团公司。扶持建立5个至10个面向国内外市场、多元化经营、年销售额达到50亿元左右、具有现代营销思想和高度文化内涵的特大型医药流通企业集团;同时建立40个左右面向国内市场或国内区域性市场，年流通销售额达到20亿元左右的大型医药流通企业集团。保证这些企业的流通销售额达到全国药品流通总销售额的70%以上。金陵药业和南京药业强强联合成立南京医药产业公司就是一个很好的例子，两者合并后就在医药流通市场表现出了强大的市场竞争力。
其次，努力提升医药流通企业的信息化水平，尤其是物流供应链管理水平。博科资讯董事长沈国康指出，物流供应链管理对企业而言不是没必要，而是很有必要。就像20世纪90年代初很多人都很抵触计算机的应用和普及一样，对于这样的新技术，将来推广和发展是一个必然趋势。在未来的信息社会，企业必须具备高度整合及有效率的管理，成功的关键是要以最快、最低成本和最高效益的策略回应市场需求。
第三，医药流通企业、制药企业以及医药的零售企业应加大力度，共同建设大型医疗物流中心，帮助厂商、流通批发商或零售商，对商品流动经营的全过程进行控制和管理。同时向西方发达国家学习，增加将医药物流承包给专业第三方物流运营商的比例。