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四是结构污染突出。造纸、酿造、化工、制药、皮革等重污染行业仍是流域主导产业，也是工业污染物的主要来源。造纸及纸制品业、化学原料及化学制品制造业、煤炭开采及洗选业、电(热)力的生产和供应业、食品制造业、纺织业、饮料制造业等7个行业的COD排放量占全部重点工业企业的80.5%，其中化学原料及化学制品制造业、食品制造业两行业氨氮排放量占全部重点工业企业的84.6%，结构性污染问题十分突出。
五是面源污染严重。农业是淮河流域主产业之一，全流域约有耕地1333万公顷，占全国可耕地的1/8，化肥农药的粗放使用导致面源污染严重。现在的问题是面源污染底数不清，初步估计淮河流域面源污染占COD总负荷的40%(清华大学估算为70%)。此外，缺乏对面源污染的实质性控制措施，将成为今后淮河流域水污染治理的一个主要难题。
第二，环境保护让位于经济发展。最直接表现就是污染物总量的控制指标远远超过环境容量，并且环境保护计划中污染物总量的控制指标还在不断增加。《淮河流域水污染防治“九五”计划》中规定，到2000年，淮河流域COD最大允许排放总量为36.8万吨/年：“十五”计划规定，到2005年，淮河流域COD排放总量控制在64.3万吨/年，氨氮排放总量控制在11.3万吨/年：“十一五”计划规定，到2010年，淮河流域COD排放量控制在88.4万吨/年，氨氮排放量控制在10.7万吨/年。淮河流域的实际环境承载能力如何呢?2005年，水利部提出淮河流域主要污染物COD和氨氮的入河排放总量应该分别控制在38.2万吨/年和2.66万吨/年，国家环保总局也在此前提出COD和氨氮的入河排放总量应该分别控制在40.0万吨/年和3.28万吨/年。如果说“九五”计划中确定的淮河流域COD最大允许排污总量36.8万吨/年是保证水质变清的必要条件的话，那么“十五”和“十一五”计划中确定的COD和氨氮控制指标，早已让位于地方的经济发展，也从根本上放弃了水质变清的目的。按照国家环保总局提出的淮河流域环境容量，“十一五”计划中COD控制排放量是环境容量的2.2倍，氨氮控制排放量是环境容量的3.3倍，根本无从保证淮河流域的水质改善。
第三，治污工程建设严重滞后。《淮河流域水污染防治“九五”计划》安排修建城市污水处理厂59座，到2000年底，建成并运行12座，占20.3%;在建32座，占54.2%;未动工的15座，占25.4%。《淮河流域水污染防治“十五”计划》中，共安排了488个项目，计划投资255.9亿元。到2005年底，已完工项目342个，占70.1%;在建项目88个，占18.0%;未动工项目58个，占11.9%。累计完成治理投资144.6亿元，占56.5%。由于工程措施没有及时跟上，导致污染物治理老账未还，又欠新账，淮河水污染积重难返。
第四，环境污染治理责任长期得不到落实。尽管早在1995年出台的《淮河流域水污染防治暂行条例》第五条就明确规定：“河南、安徽、江苏、山东四省人民政府各对本省淮河流域水环境质量负责，必须采取措施确保本省淮河流域水污染防治目标的实现。四省人民政府应当将淮河流域水污染治理任务分解到有关市(地)、县，签订目标责任书，限期完成，并将该项工作作为考核有关干部政绩的重要内容。”但是“九五”、“十五”淮河水污染防治目标没有实现，并没有哪一个地方领导因此而受到处罚甚至影响升迁。责任不追究的直接后果就是在各级领导中形成了这样一种认识：年年喊达标，年年不达标，狼来了喊多了，也就没有人信了。这里仅举了一个政府的例子，其实，《条例》中规定的“自1998年1月1日起，禁止一切工业企业向淮河流域水体超标排放水污染物”等针对企业的规定也从未得到严格执行，如果“十一五”依然如此，淮河污染治理也就真的没有希望了。