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会员注册电子商务时代，企业组织形式、生产流程以及与客户、供应商和合作者的交户方式发生了巨大变化。以Internet为核心技术的电子商务的发展和应用正引发着一场重大的变革改变了企业的经营方式，推动着全球战略资源和竞争优势的重新分配。市场竞争日趋激烈，竞争从企业之间转移到企业所在的供应链之间。随着供应链的地位和战略意义逐步提高，企业所关注的流程跨越了组织的边界，延伸到组织的外部。组织边界变得模糊、边界处于动态变化之中。协作生产流程分布于多个企业，且经常发生变化。由此带来了供应链流程管理的复杂性。电子商务环境使得多个企业可以实现流程共享，越来越多的业务流程是跨越组织边界的。
尽管组织内部流程管理的一些思想方法可以借鉴，但跨组织流程的管理出现了一些新问题，需要解决的管理问题非常复杂。跨组织流程管理至少将会遇到如下问题：(1)对外包活动的控制复杂性，组织松散，有可能造成企业私有信息的泄密，以及专有技术的流失，对企业造成一定威胁。(2)跨组织流程对管理者和基础设施提出了较高要求，如组织间谈判、协调，共享信息和流程衔接的基础设施。(3)在连接过程中，目前的流程可能需要适应性改造或重新配置，中间流程(如协作伙伴选择、建立契约关系、合作内容实时监控等)需要重建。
来自市场的竞争压力迫使企业必须考虑进一步降低成本和压缩价值链环节上的延迟时间。从文献资料看，国外一些学者已经开始了面向供应链整合的跨组织流程设计与改造研究，旨在寻求整个供应链的优化。在Joseph Sarkis的研究中指出，随着越来越多的制造企业采用虚拟企业形式，原有的跨组织交互方式需要变革[1]。
跨组织的流程管理实践比理论的出现要早， DELL和CISCO的某些跨组织流程变革已经走在前列。国外学者对供应链跨组织流程的研究近年来比较重视。尽管Hammer和Champy的早期BPR文献曾提到BPR将跨越组织边界，但是跨组织流程再造方面的第一篇文献可能是Clark Theodore H等在1996年发表在 Journal of Management Information Systems的文章： Inter-organizational Business Process Redesign: Merging Technological and Process Innovation[2]，此文主要研究了技术与流程变革的关系，但被许多研究者引用，并未阐述跨组织重组的理论问题，研究还局限于最简单的跨组织关系范畴，即inter-organizational(一对一组织关系), 而非复杂意义上的跨组织概念，即Cross-organizational(多对多组织群关系)。跨组织流程管理的文献最大一部分集中在SCM、CRM领域,但此类应用并非属于跨组织的流程重组，因为这些应用仅仅涉及跨组织流程的接口部分，而非流程的彻底变革，不属于BPR范畴。随后的文献也只是零星提到跨组织流程变革的重要性，但没有专门论述。直到2002年Champy出版了X-Engineering the Corporation: Reinventing Your Business in the Digital Age[3]，跨组织流程再造的主题才正式提出。国内的研究文献较少，较早是华中理工大学刘运哲在企业重组的理论发展[4]和企业重组中几个基本问题的探讨[5]中提到企业重组由企业内部作业流程重建到跨部门、跨组织边界、跨国界的外部业务网络再造的发展趋势，但未加以详细论述。其他的文献主要在几个领域：跨组织工作流研究[6]、供应链与物流信息系统研究、虚拟企业或联盟企业的信息集成。大多数文献采用或提到工作流技术，也有学者从流程管理方面讨论了电子商务时代的跨组织流程再设计方法和工具[7]。国内也发现个别学者开始跨组织流程重组的研究[8]，但主要涉及跨组织信息系统IOS(Inter-organization system)的研究。