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某研究所从事业单位转变为企业后，为更好地应对市场竞争，提高资源配置能力，打破了原来根据专业划分的组织结构，根据不同的产品类型特点将技术工程部门分成了四个事业部。同时，将四个事业部的工资体系作了较大改革。首先，将事业部的业绩与事业部的收入总额挂钩;其次，在事业部内部实行二次分配，由事业部根据各自的效益自主分配，员工工资主要采取固定工资加项目奖金，固定工资主要包括基本工资、岗位工资，而项目奖金的分配则根据项目核算结果，与项目的实施、成本、利润挂钩。
新的薪酬制度实施，初期极大地提高了各事业部的积极性，使业绩得到有效提升。但一段时间后发现，在事业部内部却因为薪酬分配问题出现了不和谐的声音，甚至与原来的设想背道而驰。员工A认为，目前项目奖金在分配上还是根据员工个人现有岗位工资等级进行分配，相同等级员工不管在项目中的实际贡献，只要干同一个项目，奖金是一样的，没有与自己在项目中的实际贡献挂钩，这是不公平的;骨干员工B则认为，骨干员工在项目中发挥了关键作用，而正是因为在项目中付出的比较多，因此很难同时干好几个项目，而一些普通的员工则同时干几个项目，最后，普通员工与骨干员工比拿的奖金没少多少，骨干员工的回报没有体现出其在项目中的重要作用。正是因为这些因素，对一些优秀员工的工作积极性带来了较大的负面影响，更有甚者因此而辞职，给企业的发展造成了很大影响。
问题来自没有动态管理员工薪酬
分析
随着经济全球化的发展，矩阵式组织结构为许多组织所采用，它通过成立虚拟和临时的项目组来为客户提供专门的定制服务，这种方式尤其在提供高科技技术与智力服务的IT行业以及研究院所被广泛采用。随着矩阵组织结构的广泛应用，员工职位与薪酬动态管理日显重要。
矩阵组织结构中一个很显著的特点就是项目团队是临时的，一旦完成项目目标，该项目团队就将解散，重新分派，组成新的不同的项目团队。在该研究所中，各事业部采用的都是项目管理体制，而且很多员工还在不同项目中承担了不同的角色，而不和谐的声音正是来自于对项目管理体制下的分配不公。
通过调查发现，该研究所在薪酬分配中不合理的地方主要来源于两点：
第一，不论是项目时期还是非项目时期，员工工资和项目奖金完全按照岗位工资体系进行分配。在这种分配体制下，一些相同等级的员工(例如同样是研发工程师， 一位是系统平台工程师，一位是软件工程师)，尽管在某一个系统项目中，系统平台工程师承担的项目技术难度与责任都远远大于软件工程师，但按照岗位工资体系的等级来拿工资、分奖金，系统平台工程师实际上获得的报酬基本上与软件工程师是一样的。因此，在这种工资体系下，没有体现出员工个人在项目中所做贡献以及承担责任的大小。
第二，没有体现智力贡献的价值。有些初级员工因为在项目中承担的技术任务不重，因此承担了较多项目，而一些高级员工承担的技术任务比较重，参与的项目则比较少，按照现有的项目奖金分配办法，相比较下来，高级员工实际获得的项目奖金与一般员工差距不大，导致在分配上未体现出智力贡献的重要性。根据项目中承担任务多少来支付员工薪酬似乎体现了按劳分配的原则，但是，在知识经济时代，智力成为了薪酬支付的一个重要元素，依据承担项目的多少来分配，实际上并未完全体现出智力付出的价值。