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1、按建筑类型专业化，划分为体育建筑综合所、医疗建筑综合所、住宅建筑综合所等;纵向协调，主要协调责任人为各建筑类型专业所的所长。例如中元国际工程设计研究院设立医疗、公建、住宅建筑设计所。这种方式的优点是有利于针对不同细分建筑类型市场做精做细，在细分市场上形成品牌和技术优势;2、按工种专业化，划分为建筑设计所、结构设计所、设备所等;主要协调是矩阵式的协调方式，由各专业所所长与项目经理共同来协调生产组织，即一般采用矩阵式的管理方式。按照专业所所长与项目经理之间分权的不同，这种模式有可以细分为三种亚形。
(1)纵向协调为主，主要协调人为各专业所的所长。这种模式的优点是：专业化分工比较彻底;技术交流、学习比较方便;专业技术人员集中，可以形成规模优势，同时资源调配的空间和余地较大。中国建筑设计研究院就主要采用的这种模式：分成建筑专业设计研究院、结构专业设计研究院和机电专业设计研究院;
(2)横向协调为主，主要协调人为项目经理。这种模式的优点是：同时满足关注客户导向和专业化分工的需要，是一种比较理想的方式，也是国外的主流模式。目前采用这种模式的建筑设计研究院有云南省设计院。
(3)综合所和专业所模式的混合。综合所保留建筑和结构专业，设备专业单独出来成立专业所。其协调方式以纵向协调为主，主要协调责任人为各综合所、专业所所长。这种模式的优点是：是一种过渡模式，过渡成本小，可操作性强，兼顾了综合所和专业所的优点。采用这种模式的建筑设计研究院有中国建筑西南设计研究院：中建西南院组织结构由7个综合所和2个设备所构成。
3.按流程的专业化，例如划分为方案创作中心、施工图设计所、施工现场配合机构等。这种模式主要以纵向协调为主，主要协调责任人为中心主任、设计所所长。这种模式的优点是在基本保持原来综合所结构不变的情况下，强化前期业务争取和后期施工现场服务，更好地体现客户导向原则。三、在组织结构选择时要注意的事情
1、没有最好，只有适合
现代组织理论认为：没有一种一成不变的最好的组织形式，组织需要根据环境而发生变化，在组织结构与环境之间存在一种“最适状态”(goodness of fit)。在一种环境下适用的组织形式不一定适用于另一种环境。这就是权变理论(contingency theory)。权变理论认为组织需要主动变化以适用新环境。否则，不适应新环境的组织将缺乏运行效率，并最终被环境所淘汰。最后能够生存下来的企业组织结构必然是那些能够适应新环境变化的组织结构。这就是“自然选择”(natural selection)原则。
权变理论对建筑设计企业组织结构选择的启示就是：组织结构形式并没有最好的，只有最适合的。各企业需要根据自身的特点来选择与自身特点相适应的组织结构形式。
2、兼顾先进性与可操作性
我们认为：国内的建筑设计企业在对组织结构进行调整时，不但要考虑组织结构形式的先进性，也要考虑组织结构形式的转变是否易于操作。