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(五)收付实现制使政府效率低下。目前我国的政府预算会计基本上采用收付实现制基础对预算收支进行会计确认。收付实现制会计存在的主要问题有：一是财务报表反映的受托责任比较狭窄，而且易于被管理当局操纵。因为管理当局可以根据其需要将收款或付款的时间从本期推迟到下期，使财务信息缺乏可靠性和前后期的一贯性。如基层税收征管机关往往以完成上级下达的任务为目标，而不积极催缴当期应交税款，造成推迟确认收入。二是不能充分反映某些政府承诺、长期决策的全部成本。如养老金、社保金等的负债成本只是在支付时体现，而不是在形成时确认，造成政府的财政义务(成本)被低估，不利于评估政府的绩效。如基层政府拖欠工资、养老金、社保金问题，在目前的预算会计中就得不到反映。三是各级财政部门无法正确处理年终结账，年度预算执行过程中，各级财政部门经常发现预算已安排，但由于各种原因，当年无法支出而不得不作为年终结余处理，从而使年终结余出现“虚增”。
(六)整个体系不利于与国际惯例比较研究。现行预算会计制度与国际公共部门会计的习惯做法不具有可比性。国际会计师联合会继上世纪90年代发布《中央政府的财务报告》、《中央政府财务报表的要素》、《政府财务报告的主体》、《资产的定义和确认》、《负债的定义和确认》、《收入的定义和确认》、《费用/支出的定义和确认》、《政府企业的业绩报告》等相关文告后，2000年5月24日又发布了8份国际公共部门会计准则。这些准则公告虽然不具有强制性，但是，我国作为国际会计师联合会的成员国，为了积极参与国际经济合作和政府会计活动，应发挥我国在国际政府会计领域的作用。
三、对我国预算会计与管理改革的思考
政府会计作为反映政府财务活动的信息系统，应当根据我国政府的职能及政府财务活动的内容，全面、完整地反映政府财务活动及结果，真正建立具有中国特色、与国际公共部门会计可比的、科学规范的政府会计与财务报告体系。
(一)政府会计主体：记账主体应与报告主体适当分离。会计主体是指会计为之服务的单位或组织，包括记账(核算)主体和报告主体。在美国，由于引入了“基金理论”，政府会计的记账主体通常表现为各类“基金”。而报告主体则采用了双重视角：首先，政府作为一个整体，需要报告其政务活动和企业活动，对政府能够实际控制的财务资源的获得与使用进行报告，以评价其财务受托责任。其次，在基金层面，则以主要政务、企业基金和受托基金作为报告主体，并对那些主要的基金单独编报基金财务报告，非主要的基金则合并在一起编报基金财务报告。这一做法很好地体现了记账主体和报告主体的离合关系，满足了信息使用者依赖财务报告获取数据以对报告主体履行财务受托责任进行评估和制定决策的信息需求，值得我国借鉴。
目前，我国的预算会计主体是每一级的预算单位。在总预算会计中，它是国家各级政府;在行政事业单位会计中，它是各级行政单位和事业单位。由于这一模式将政府预算与具体使用资金的核算割裂开来，使得预算对具体财务资源的使用缺乏控制。财政资金的统一向下拨付又助长了各单位争资金而轻效益的现象，不利于提高财务资源的使用效率。