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(三)环境审计基本空白
环境审计是由会计师事务所或其他法定机构对适用于环境要求的有关业务经营及活动所进行的系统的、有证据的、定期的、客观的检查。我国环境审计尚处在理论探讨的初级阶段。目前进行的与环境相关的审计主要是合理性审计，即主要鉴证企业的经济活动是否遵守了现有的环境保护法律和地方颁布的环保法规，如污染物的排放是否超过了规定标准，是否按照规定的要求及时上交了各种费用等。而对国务院所属的环保部门及其他有关部门进行审计监督、地方政府管理的环境保护专项资金进行审计监督、对国家在国际履约方面进行审计监督、对政府环境政策进行审查监督等内容基本上是空白。随着我国加入WTO与世界经济接轨，中国企业被迫进入国际市场参与国际竞争，如何注重生态环境保护，以“绿色理念”经营，建立有效的绿色经营系统，实施环境成本核算与控制制度;如何防止国际贸易“绿色壁垒”、防止发达国家将“不够绿色”的产业商品转移或销售到中国来;开展对大型制造型企业和上市公司的有关自然资源、环境成本报告的真实性、合法性再监督等问题都亟待解决。但目前我国的审计监督体系中还缺少这一块，我国环境审计理论研究及实务远远落后于国外的现状，急需国家有关部门重视此项工作的开展。
(四)环境税收不完善
我国目前专门针对资源与环境的税收有资源税、土地增值税、耕地占用税、城镇土地使用税等，但各税种的征收目的主要是调节级差收入或增加收益，未能与保护资源环境很好地结合起来。例如对于资源税，目前，我国的资源税只对六类矿产品及盐征收，目的主要是调节这些资源因开采条件不同而产生的级差收入，征税范围较窄，未将急需保护的水资源、草原资源、森林资源、土地资源划入资源税的征税范围;同时征收标准一般偏低，不足以补偿资源损耗，对稀缺资源、非再生资源没有课以重税。现行的税制并不是一个对环境十分“友好”的税制，它没有单独设立环境税，没有把环境成本纳入到有关的税目和税率中。
(五)成本量化困难
企业环境成本包括：资源耗减成本、环境降级成本、资源维护成本和环境保护成本四种。对后两种形式的环境成本量化相对比较容易，但由于资源的破坏程度和类型的确定困难，可利用的技术以及恢复标准的不确定性因素，使得资源耗减成本和环境降级成本难以量化。比如对水污染损失成本进行量化时，有毒污水排到河里，使渔业受损失，人们饮用水导致生病、精神上受损失以及迫使人们到很远的地方去寻找新的饮用水源，这些损失都要计入水污染损失成本中，但在实际中对这些成本的量化比较困难。可以说，环境成本的计量问题是困扰环境成本会计发展及应用的关键问题。
三、环境成本核算与控制制度应用于企业的途径
(一)完善环境成本法规制度