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2.政府债权和股权的增减变动未反映在财政资产中
(1)政府债权的发生和收回未作为政府资产反映。现行制度规定，发放贷款列为“一般预算支出”，收回贷款本息列为“一般预算收入”，而对贷款发生和收回导致的债权变动不进行核算。缺点是，政府债权的规模和增减变动没有反映，虚减了政府可支配的公共财务资源，不利于加强贷款的回收管理。
(2)政府对外投资形成的国有资本金以及缴存国际金融组织的股本未作为政府产权反映。结果是政府资产状况和结构无法反映。对外投资核算时仅列为“一般预算支出”，未作为产权反映。同样，国有资产出售、转让所得款项，列为“一般预算收入”，不反映投资资产的减少。未核算和反馈国有股权的运营状况，不利于国有资产保值增值。
(二)新的资金运作情况未系统反映在会计核算范围内
预算外资金未包括在财政总预算会计核算范围内，在《财政总预算会计制度》外，由《预算外资金财政专户会计核算制度》来规范。目前预算外资金已纳入政府收支分类体系，预算外资金与一般预算资金在收缴领拨和预算编制上已趋于一致的状况下，财政资金的体外循环，既不利于财政资金统筹使用，也使得财政总预算会计报表与预算单位会计报表反映的资金口径不一致。此外，社会保障基金核算不统一，财政部门无法全面反映社会保障基金的运作及增值情况。
(三)会计报表反映的内容过于简略
如资产负债表中，政府当年结余和历年累计结余没有分开，不便于财务分析和资金调度。
(四)会计科目与政府预算科目尚不甚匹配
政府预算科目用以详细记录和反映预算的批准情况，同时，政府会计科目用以详细记录和反映经济业务实际发生情况。会计科目的设置应与预算科目相匹配，且其详细程度应不低于预算账户，以便按照政府预算收支科目口径反映政府预算执行情况。可喜的是，在《财政部关于政府收支分类改革后财政总预算会计预算外资金财政专户会计核算问题的通知》(财库「2006」25号)中，预算外资金财政专户会计取消净资产类“专项预算外资金结余”、“一般预算外资金结余”和“乡统筹资金结余”科目，取消收入类“专项预算外资金收入”、“一般预算外资金收入”、“乡统筹资金收入”和“其他收入”科目，取消支出类“行政事业支出”、“专项支出”、“基本建设支出”、“乡统筹资金支出”和“其他支出”科目，而增设净资产类“预算外结余”、收入类“一般预算外收入”和支出类“一般预算外支出”科目。财政总预算会计、预算外资金财政专户会计科目均要求根据《政府收支分类科目》分设相应明细账。
随着预算外资金、社会保障基金纳入政府收支分类体系，目前急需拓宽财政总预算会计的核算内容，解决预算明细科目和财政总预算会计明细科目分类不一致的问题。从长远看，预算外资金与一般预算资金应融为一体，统一核算。作为过度，目前应在财政总预算会计体系内设置单独的预算外资金收入、支出、结余等科目进行核算。