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期货公司是根据手续费收入来缴纳营业税的，根据财政部的《商品期货交易财务管理暂行规定》，手续费收入的核算是期货公司收取客户手续费减去期货交易所收取期货公司的手续费，即手续费净收入。但是《营业税暂行条例实施细则》第十四条规定：“条例(即《营业税暂行条例》)第五条所称价外费用，包括向对方收取的手续费、基金、集资费、代收款项、代垫款项及其他各种性质的价外收费，凡价外费用，无论会计制度规定如何核算，均应并入营业额计算应纳税额”。也就是说，期货公司在缴纳营业税时，应以收取客户的手续费作为计税依据，而不能扣除交易所收取的手续费，即不能以手续费净收入作为营业税计税依据。目前，大多数期货公司是以手续费净收入作为计税依据的，甚至有些期货公司将经纪人的返佣也从营业收入中扣除了。
关于居间人手续费返佣税前列支问题，目前尚未有文件明确规定：居间人手续费返佣可以在成本中列支。而大多数期货公司把居间人的手续费返佣作为劳务费在税前列支，有的公司甚至没有代扣代缴个人所得税。
关于期货公司营业部的纳税问题，由于期货公司营业部不是独立法人，财务上也不是独立核算，所以大多数期货公司营业部在总部所在地缴纳营业税和所得税。但是根据营业税属地缴纳原则，营业税应在营业部所在地缴纳，而且所得税如果在总部所在地缴纳也必须报经税务部门审批后才可执行。事实上现在大多数营业部是在总部所在地纳税。
2、银行规定将抑制“洗钱”带来的风险
去年中国人民银行连续公布了《金融机构反“洗钱”规定》等三项规定，并于2003年3月1日起正式施行。《金融机构反“洗钱”规定》要求，金融机构为个人客户开立存款账户、办理结算的，应当要求其出示本人身份证件，进行核对，并登记其身份证件上的姓名和号码。代理他人在金融机构开立个人存款账户的，金融机构应当要求其出示被代理人和代理人的身份证件，进行核对，并登记被代理人和代理人身份证件上的姓名和号码。对不出示本人身份证件或者不使用本人身份证件上的姓名的，金融机构不得为其开立存款账户。
这一措施意味着，中国金融市场在银行、股市和期货领域实现了实名制的并轨，历来困扰中国金融市场的实名制有名无实的问题，将在它的源头得以解决。实名制的施行，将更好地体现期货市场公开、公正、公平的“三公”原则，有利于整个期货市场的长期、稳定、持续、健康发展。
在实际经营中，有的期货公司在市场竞争的压力下，为了争取客户，财务部门相关人员并没有按照相关的条例规定在客户存入期货保证金时仔细检查资金来源以及核对姓名真伪，只要有钱进来就收;在客户提取保证金时也存在把关不严的现象。这些现象的存在使得期货公司有可能成为“洗钱”的场所之一，成为金融市场巨大的风险隐患。
二、管理风险
1公司本部的管理风险
由于我国期货市场早期曾有过的暴利现象，不少金融机构、现货企业纷纷以各种形式进入期货市场，经营管理的不规范性大大增强。这使得期货市场情况变得更为复杂，使原本经营风险就很大的期货市场经营管理的风险扩大化。同时迅速发展的机构和业务与近乎空白的经验之间的矛盾是期货公司管理滞后的一个实际问题。而管理滞后对于期货公司来说，意味着内控风险、事务风险、经营风险等极易发生。这类风险的产生，固然有外部一些因素的影响，但它产生的根本原因还在机构自身。期货公司必须通过加强内部管理体制，提高执业人员素质等途径防范和减少管理风险。