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目前相对各大期货公司而言，制度上的不完善、结构上的欠缺以及相关政策的相互制约使得期货公司本身在运行中就存在极大的自主性和随机性，因此，管理上就缺乏有效和切实可行的规章制度。而面对高速发展的期货市场，有章可依、有规可循的相关制度的出台无疑将是从根本上根除管理风险的必要前提。
而《期货经纪公司内部控制制度指南》的出台无疑具有积极的规范指导作用，其中提出的内部控制制度建设和内部机构的设置将为期货公司管理提供方向。
2各分支机构的管理风险
公司本部的管理风险主要体现在制度的制定上，而分支机构的管理风险则主要体现在制度的执行上。对于期货公司各分支机构而言，无序性和自主性是其管理上的主要弊端。其中按照中国证监会要求设立的公司各营业部由于其严格的按要求进行运作，故相对而言其风险存在很大的可控性。但由于公司本身出于对营业成本的控制，可能出现一人多岗的现象或对各种管理制度形式上执行成分居多，因此如何完善其机构上的缺陷将是其从根本上规避风险的首要问题。
目前期货公司与各地相关机构和人员联合设立营业网点已是一种普遍行为，但由于网点本身运作的理念与公司存在较大的差别，因此相对期货公司今后的发展而言，风险存在的最大隐患或许主要来自于此。为追求最大的利润和市场份额，期货公司对各营业网点的管理存在较大的缺陷，无主性和随机性在各营业网点中普遍存在，同时专业人士的缺乏以及风险防范意识的淡薄也是其运作中的主要弊端。由于合同双方的执行者主要是期货公司和投资者，因此直接执行权利和义务的仍然是期货公司，故如何保障期货公司和营业网点间的合作，将是期货公司尤为需要关注的重点，其中合作对象的选择或许将是遏止此种风险的关键。但由于其合作的特殊性，市场体制上的既有缺陷，使得此种风险仍将会在很大程度上长期存在。
三、资金风险
1、自有资金的风险
期货公司属于金融服务性行业，由于其特具的行业背景以及较强的专业性，使其进军金融业进行投资行为具有极大的便利，但目前我国的期货公司整体规模都在3
000万——5000万元的注册资本金，这与证券公司上亿元，甚至几十亿元的注册资本金相比显然抗风险能力太弱，而投资行为失败与否对其资产质量的影响将是巨大的。因此，如何保证资本金的充足应当是当前每家期货公司必须面对的重要问题。
同时，期货行业属于高风险的行业，因此，按照相关规定，期货公司可以按手续费收入的5%计提风险准备金，以用来抵御市场不可测或不可抗拒的风险等原因所导致的债权损失的备抵金。这部分资金不同于公司的自有资金，必须专款专用，严禁挪作他用，以避免可能发生的整个期货公司的信用风险。