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从连锁行业的特点来看，通常都是采用立足某地，奠定基础，逐步辐射的做法。这样的做法收益和风险是相一致的，企业有足够的空间化解不确定性带来的损失。电器行业的国美是从北京走向全国的，进而成为行业的老大。
其次，管理和效率的落后。三九连锁一谓地追求做大做强，在这样的理念下很容易导致的就是无效率的扩张。在一些城市，员工为了完成既定的连锁门店数量指标，建店速度太慢只能购买。效益好的门店别人不愿卖，买到的只能是一些效益不好的店。很多钱都是作为冤大头投进去的，一些地方签下了400至500 家店但最终能够运营的只有100家左右。这些效益不好的店一直拖着三九的后腿。这样的效率损失显然是由公司不恰当的经营战略造成的。
管理方面的问题或许要更糟。三九连锁的早期员工大部分是三九集团转过来的，零售方面的知识和能力并不缺乏，不足之处在于他们缺乏管理和全国经营的经验。连锁销售的优势在于通过其数量和区域上的规模达到对零售终端市场的占有，销售额的扩大，集中采购和配送下的成本递减，新的管理方法和标准的应用等。如果在做连锁销售管理时没有充分考虑和利用这些优势，那么这样的连锁经营实践肯定是失败的。或许三九连锁的管理层深谙其道，但从实际结果来看三九连锁的管理绝对是其最大败笔。全国统一的采购配送中心没有建立，总部和连锁店没有形成有效统一的管理对接体制，流动资金不足导致局部地区店面又太少，财务管理的漏洞导致门店虚减利润截流独肥。这些问题没有及时清理最终成为三九连锁经营能力下滑连年亏损的主因。
再次，人员的补充。所有商业活动最重要的因素是人。经营业绩的下滑引发了恶性循环。一方面业绩恶化对自身员工信心造成严重打击，尤其是那些曾经经历过三九历史上辉煌时期的员工;另一方面优秀的营销人员和职业经理人对三九失去兴趣望而却步。一个无法吸引优秀人才加盟的企业是不可能像赵新先所说的那样做大做强。
世上最大的错误莫过于没有意识到自己在犯错。在三九连锁成立之初，赵新先和总经理解斌对三九的经营理念赞不绝口,没有及时地纠正自己的错误只能使三九越错越多，越走越远。2003年在连锁门店经营不善，外界质疑和批评蜂拥而至的时候，三九的定位策略又转为800至1000平方米的大卖场，这一实验绝大多数均以失败而告终。比如浙江湖州开发区的一家门店开业时日销售额达20余万元，但后来却迅速回落至两三万元，而房租却是每月40多万元;绍兴一家门店的房租更曾高至95万元，压得药店喘不过气来。而这种大卖场的开开关关对企业的影响相当大，一则使投入的巨额资金打了水漂，形成呆坏账;二则影响了消费者对企业品牌的认识，难以对药店形成忠诚度。当所有的问题已经到了无法弥补的地步时，三九连锁只能选择结束它短暂不幸的历史。
资本市场之恨
很多人都曾提及三九短缺的资金链，混乱的债务关系和严重的内部人控制。三九连锁是资本市场角逐下又一失败的案例。
不得不提及三九集团和赵新先。赵新先迷恋资本运营历来已久。
1997年，集团曾运作入主上市公司川盐化。据说，当时三九只要肯出5000万就可以接受一个不小的盘子，但计划最终没有通过。其后三九仅用不到两年的时间即坐拥三家上市公司。