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1998年7月16日，三九耗资一亿受让深圳上市公司宜春工程国家股，并更名为三九生化。到1999年实施配股，募得现金1.16余亿元。3月底，将三九所属的长春三顺药业有限公司委托给宜春工程进行管理，8月变更部分配股募集资金投向，用于购买第二军医大学研究开发的治疗癌症新药，另2500 万元用于补充公司流动资金。拆巨资在上海浦东张江高科技园区购买土地，兴建三九生化基因工程产品的研究、开发和生产基地使未来融资能力成倍增长。重组两年多后，其股本规模扩张了近两倍。
2000年3月9日，由三九集团及其控股的深圳三九药业有限公司共同发起的三九医药顺利在国内A股上市，并一次直接融资17个亿。
2000年11月28日公司第一大股东上海华谊(集团)公司与三九集团签订《股权转让协议》，三九企业集团受让胶带股份总股本的29.5%，成为该公司的第一大股东。
古语云，五十知天命，六十耳顺，但从2001年60岁本命年起，赵新先的运道就开始走下坡路了。该年8月，这位盛誉多年的企业家遭遇了职业生涯中第一次但不是最后一次耻辱--三九集团占用上市公司25亿元，受到证监会公开批评。2005年12月25日，国资委主任李荣融中央企业负责人会议上证实，赵新先已被正式逮捕。他要求各央企以“三九”事件为戒，管住规划、人及账本，加强集团公司的控制力，“都要尽量不为后任留下这种摊子”--三九深陷危机，据债权银行披露，其整体银行债务高达107亿元，并将面临巨额法律诉讼。
从占用上市公司25亿元开始，赵新先就开始不停地收购和组建上市计划。其中很多的计划都是因为亚洲金融风暴和监管层的影响才搁浅。资本市场的失败案例并没有引起赵新先足够的重视，或者说他希望通过自己资本运营的方式来修复三九集团的千疮百孔并存在一种侥幸的心理。赵新先起初认为连锁药店将来一定有利可图，但这种风险投资在上市公司的股东大会上是通不过的，所以他私下调用了资金投下去，试图在赚钱之后再神鬼不知底还给上市公司。然而这种事情一般做了一回就想做下一回，更何况赵新先并没有从连锁经营中赚回资金,最终东窗事发，三九集团和赵新先在残酷凶险的资本运作下沉沦。
前车之鉴
三九连锁的兴衰巨变，不过发生在短短的五六年间。五六年前，三九连锁立下“万家药店”的宏大目标，并一路高歌猛进。此种行进姿态，或与当时宏观经济形势和同业迅猛扩张态势较相适应，但检讨其发展历史，三九连锁并未为大规模扩张做好充分准备。对药品零售运作理解的肤浅，与现实世界的隔膜，想当然式的扩张，连锁药业创业之初的种种幼稚特征，在三九连锁身上几乎都有体现。
一味追求药店数量规模和药店经营规模，是三九连锁发展史上最鲜明的特征，也是其由兴而衰最关键的症结。因此，对连锁药业而言，三九连锁的境遇就具有了标本意义。连锁药业的发展，与规模经营并非截然对立;但高速扩张的经营格局，对连锁企业经营理念、制度架构将提出更高要求，对连锁总部的主导力、控制力和协调力将带来严峻考验。倘若经营者缺乏充分准备，则虽有较充裕的资金和较好的外部条件，亦宜取稳健的经营方式和推进速度;否则，不断上升的数量规模，便可能因失控而成为脱缰的野马，演化为导致形势逆转的破坏力。
其兴也勃、其衰也忽。三九连锁在诞生五年即夭折而亡，在盲目的市场扩张中饮鸠而终，在人们唏嘘的感叹里悲情陨落。
往者不可谏，来者犹可追。三九连锁案例所蕴涵的有用信息，也许远比我们目前观察到的更丰富。