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所得税管理科科长张明垒认为，国家税务总局此时出台《办法》，有比较重大的意义。《办法》首次明确把减免税划分为两大类，规定了不同的管理办法，切合税收征管实际。朝阳区企业所得税纳税人的数量增加非常快，平均每月增加1000户左右，1年增加10000多户，目前我们管辖的企业所得税纳税人已经达到36000多户。这些纳税人中相当一部分能够享受减免税优惠，去年新批准享受企业所得税减免的企业户数就有1500户，相当于2001年所得税分享体制改革时的7倍;今年到目前已批准1200户企业享受减免税优惠。如何对批准享受企业所得税减免的企业，以及符合企业所得税减免条件的企业进行规范有效的管理，是基层税务机关面临的巨大挑战。《办法》提出了简化手续，规范管理的总体思路，与《税收征管法》的有关规定紧密结合，具有很强的指导意义。同时，《企业所得税减免税审批条件》系统地规范了企业所得税报批类减免税的审批条件，有利于税务机关和纳税人依法办理减免税。
张明垒还说：“《办法》改变了减免税年审制度，是非常大的突破。说实话，年审是把审批时干过的工作再重复一遍，工作量非常大。改变管理办法后，可以使税务机关有更多的时间和精力管住真正需要严格管理的减免税项目，为纳税人提供更优质的服务。”
所得税管理科副科长李谦补充说：“现在很多新办的第三产业企业可以享受免征所得税1年~2年的优惠。朝阳区近几年这类新办企业增加非常快，为审批这些企业是否享受减免税，20人干1年都干不完。年初批了，年终还要进行年审，确实压力非常大。像这种具备一定条件就可以享受的普遍减免税，审批没有太大的必要，应该实行备案制。因为基本上是报多少批多少，很少有不批准的。对那些条件要求严格，带有特殊性的减免税，比如安置下岗失业人员再就业享受减免税，转制科研机构享受的减免税等，确实需要税务机关严格审查的，就应该实行审批。”
流转税管理科副科长李伟认为，《办法》出台后，对纳税人树立依法纳税的观念和纳税核算水平提出了更高的要求。流转税减免税对企业的纳税核算要求非常严，如果企业账务核算不清，不能正确进行收入与费用的账务处理，无法达到查账征收的要求，那么就会被税务机关按照核定征收的方式征收税款，也就无法享受减免税。现实情况是，不少企业的会计人员专业素质不高，财务核算比较混乱。比如一些享受增值税即征即退的企业，按规定必须把免税产品单独核算，就有一些企业没有单独核算，自然无法享受减免税。
纳税人：办理减免税腰杆硬了
纳税人是享受减免税的主体，《办法》好与坏需要由纳税人自己评说。
建研科技股份有限公司财务部经理刘羊子说，我做财务工作已经15年了，经历了新税制发展的整个过程。看过《办法》后，感觉税法在人性化方面有了很大的进步，它从维护纳税人的合法权益，优化纳税服务，规范税务机关的执法行为出发，制订了不少具体措施，使纳税人办理减免税的腰杆硬了。我们公司目前享受“三免三减半”的企业所得税优惠，技术转让费30万元以内免所得税的优惠，生产 销售软件产品增值税税负超过3%部分即征即退的优惠等。每年总计可以享受1000多万元的减免税!能享受到这些优惠，对企业发展起了很大的推动作用。客观地说，以前办理减免税程序比较繁琐，申请时需要提供众多的资料，需要的时间较长，还得经常接受税务机关的调查。
《办法》把减免税分为备案和报批两种类型，对我们有直接的好处。去年取消了“经国务院批准的高新技术产业开发区内的高新技术企业减免税审核”这一项后，我们享受企业所得税“三减半”就不用经过税务机关审批了，减轻了不少负担。
刘经理还表示，有了《办法》，今后就可清楚知道税务机关的哪些管理行为是合法的，哪些是越权的。对越权行为，就可以依据《办法》进行反驳。
北京首信股份有限公司经营财务部的总经理武学东说：“我在上班的路上听到《办法》出台的消息后，第一感觉就是国家维护纳税人合法权益，为纳税人服务的意识越来越强。我们每年享受企业所得税减免和出口退税的数额很大，快速及时地享受税收优惠政策对企业的生存和发展非常重要。《办法》实施后，办理减免税将更加方便，更加快捷。同时，因为《办法》取消了减免税年审，提出了通过纳税检查、执法检查或者其他专项检查等方式强化减免税的管理，我们担心是否会因此导致税务机关增加对企业的检查次数，增加企业的负担，希望在这方面进行限制。”
北京同元制药厂副厂长杨瑞学，北京城建集团混凝土公司的副总会计师郭长华均认为，对福利企业享受减免税，对生产资源综合利用产品免征增值税等减免税项目，实行报批制是非常必要的。这些减免税是对特定行业，特定产品的税收优惠，只有符合条件的纳税人才应该享受。为了保证这一点，税务机关的审批必不可少。因为如果放开了，就会给一些不符合条件的企业偷逃税留下空间。
中国质量认证中心财务处处长张京明等人认为，《办法》是一柄双刃剑，总体上对纳税人是非常有利的，在维护纳税人合法权益方面有了较大突破。但是纳税人也应该明确意识到新变化带来的巨大风险。以前减免税只要经过税务机关审批，几乎不存在什么纳税风险。不少减免税改备案后，只要纳税人进行备案，从登记备案之日起就可以享受减免税。但是现实情况是很多纳税人对减免税的条件并不是非常清楚，加之财务核算能力差，很有可能出现享受了不该享受减免税的情况。在这种情况下，纳税人就有可能构成偷税而受到处罚。因此，纳税人必须强化对税法的学习，不断健全财务制度，才能减少纳税风险。
呼声：模糊内容需要尽快明确
税务干部和企业人员认为，《办法》从10月1日就要开始实行，但《办法》中有几个问题比较模糊，需要尽快明确，否则会影响执行效果。
首先，哪些减免税项目属于备案类，哪些属于报批类，《办法》缺乏明确界定，这是最大的问题。减免税的数量很多，如果由各地税务机关自行决定，难免出现混乱现象。因此希望由国家税务总局采取列举的方式进行明确。
其次，《办法》规定，纳税人同时从事减免税项目与非减免税项目的，应分别核算，独立计算减免项目的计税依据以及减免税额度。不能分别核算的，不能享受减免税;核算不清的，由税务机关按合理方法核定。以上人士认为，此条规定对纳税人有利，但是目前人们对“不能分别核算”、“核算不清”和“按合理方法核定”的含义理解存在较大分歧，如果任由各级税务机关依据自己的理解裁定，也难免会造成混乱，使新规定流于形式。只有对其含义进行明确，才能防止有些税务机关以企业不能分别核算为借口阻止纳税人享受减免税;也才能防止纳税人采取故意核算不清的方式，以获取更多减免税情况的发生。
第三，《办法》目前对减免税备案规定的非常简单，也需要进一步明确。