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2.整合成本：指并购后为使被并购企业健康发展而需支付的长期运营成本。具体包括：整合改制成本、注入资金的成本。整合与营运成本具有长期性、动态性和难以预见性。
3.机会成本：并购过程需要耗费企业大量的资源，包括资金的输出、物资的调拨、人员的调配，一旦进入并购过程，就很难有充足的资源考虑进行其他项目，因此，并购行为丧失的其他项目机会和资金收益就构成了并购的机会成本。
审计人员应当运用专业知识全面估价企业的并购成本，以及并购过程对企业财务状况的影响。
六、与并购换股比例确定相关的审计风险
要合理确定换股比例，首先必须正确确定企业价值。企业价值有多种表现形式：账面价值、评估价值、市场价值、清算价值等。这些价值表现形式虽然从一个方面或另一方面反映了企业价值，但都不能代表企业的实际价值。审计人员首先应该以某一公允标准确定企业的实际价值，而市场价值则是在实际价值的基础上谈判的结果。确定了企业价值之后，就要选择不同方法确定换股比例，最后评估换股后对企业财务状况的影响。
(一)并购目标企业的价值评估方法的选择
价值评估方法包括：收益现值法、市盈率法、清算价格法、重置成本法。由于企业并购的并不是目标企业的现有资产价值，而是目标企业资产的使用价值以及所能带来的收益能力，也就是目标企业的未来价值。因此，并购方实际上是在选择与并购目标和动机相应的估价方法。当企业并购的目的是利用目标企业的资源进行长期经营，则适合使用收益现值法;当证券市场功能健全、上市公司的市价比较公允时，可以采用市盈率法;当企业并购的动机是为了将目标企业分拆出售，则适合使用清算价格法;如果企业作为单一资产的独立组合，则可以使用重置成本法。
审计人员在选择评估方法时，要注意区分不同方法的特征与适用性。一般而言，贴现价格法把企业未来收益或现金流量反映到当前的决策时点，能够反映目标企业现有的资源的未来盈利潜力，理论上的合理性易于为并购双方所接受，但是预测未来收益的主观性太强，有时难以保证公平。贴现价格法需要估计由并购引起的期望的增量现金流量和贴现率(或资金成本)，即企业进行新投资，市场所要求的最低的可接受的报酬率，程序包括预测自由现金流量、估计贴现率或加权平均资本成本以及计算现金流量现值、估计购买价格，主观判断的因素很强。市盈率法操作简便，但需要以发达、成熟和有效的证券市场为前提，而且涉及大量的职业判断和会计选择，比如应用市盈率法对目标企业估值时，需要选择、计算目标企业估价收益指标，可采用的收益指标包括：目标企业最后一年的税后利润;目标企业最近三年税后利润的平均值;目标企业以并购企业同样的资本收益率计算的税后利润。在选择标准市盈率时，可以选择在并购时点目标企业的市盈率、与目标企业具有可比性的企业的市盈率、目标企业所处行业的平均市盈率。因此，当审计人员面临不同的方法选择时，应当考虑在风险和成长性上的综合性与可比性。重置成本法没有对企业进行全盘统一考虑，不适用于企业无形资产规模较大或品牌资源丰富的情况。