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(一)成本收益因素。成本收益原则是当今企业经营管理最基本的原则，不论哪方面的决策，都必须考虑成本与收益的关系。内部控制固然能够减少会计处理过程中错弊的发生，提高审计效率，但如果内部控制的成本超过了可能发生错误造成的损失和浪费，企业的管理人员就会想方设法减少控制程序，这就使得内部控制总是存在缺陷。
(二)员工的串通舞弊。内部控制是通过进行明确的职责划分来分离不相容职务，从而避免一个人独立从事某项工作进行舞弊的可能性。但在有些方面，内部控制则是无能为力的，如两个或多个员工合伙串通舞弊。
(三)人员素质。内部控制归根到底是由人去理解执行的，如果执行人员素质不尽如人意，那么，内部控制的效果就要大打折扣。而且，内部控制大多是针对普通员工和中低层管理人员的，但对企业的高管人员往往缺乏有效的监督和惩罚措施，如高层管理人员有意进行不正当活动，或管理当局授意下属进行一些不正当行为以粉饰经营业绩，内部控制往往无能为力。事实上，高层管理人员若作出不正当行为，其所带来的损失和危害比普通员工要大的多。
(四)缺乏对例外事件的控制措施。内部控制制度一般是针对经常、重复发生的业务制定的，制度一旦制定下来，就具有相对稳定性。如果出现不经常发生的事件，或制定制度时未预计到的事件，原有控制制度就可能不适用，而临时控制措施又不能及时发挥作用，从而影响内部控制的效果。
(五)缺乏一套权威的内部控制评价标准。内部控制制度的评价标准既是对内部控制制度完整性、合理性和有效性进行评定的客观依据，又是内部控制制度建立的准则和指南。从一定意义上说，内部控制评价标准本身就是一种控制手段。然而，到现在为止，我国尚缺乏一套权威的内部控制评价标准体系，使审计人员对内部控制的评价多凭借个人对于内部控制的理解，出于审计目的对内部控制作出评价。职业素质不同，对同一套内部控制的评价可能出现天壤之别。
三、解决内部控制在制度基础审计中局限性的方法
为克服内部控制的薄弱环节，使制度基础审计更加完善，促进我国的审计事业飞速发展，笔者认为应采取以下措施：
(一)建立一套内部控制评价标准。只有出台一套权威、合理、为各方所认同的评价标准，审计人员对内部控制的评价才有章可循，对内控制度的评价活动才具有可操作性，才能进一步规范其审计行为，得出客观公正的、符合实际的内部控制测试结果，真正提高审计效率，降低审计风险。
(二)提高审计人员的职业素质。内部控制的评价是由审计人员来完成的，因此，审计人员的职业素质对内部控制的测试结果必然有一定影响。若要使内部控制的评价与实际相符，不因为审计人员的不同而出现不同的结果，就必须加强审计人员的自身职业素质培养，努力提高审计人员的业务水平，加深其对内部控制的理解。