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会员注册财务(资金流)系统的目标功能作用不是简单的算帐，而是要组织资金——筹资，使用资金——投资，进行资金跟踪监督——记帐，并核算资金使用效果，提升资金使用效率——成本控制。该系统可细分为成本控制、资金管理、会计核算3个二级子系统，进一步分析则有13个三级子系统。
一、 成本控制系统
成本控制系统的目标功能作用，是对企业营运的每一步的投入都实施控制和监督，以保证最大限度地降低无效投入，杜绝浪费，使企业的每一分钱的投入都能通过为客户增添价值来实现企业的价值增值。任何一个企业的生存和发展都必须有成本的投入，但这种成本投入之后能否为企业带来价值，则是不确定的。这就需要成本控制系统提供这种控制，尽可能消除无效和低效投入，从而提高企业的资金使用效益，进而使企业实现应有的发展。成本控制系统又可以分为五个三级子系统：一是采购成本控制，二是制造成本控制，三是销售费用控制，四是管理费用控制，五是资本费用控制。
1、采购成本控制子系统
采购成本控制子系统的目标功能作用，是通过对材料、设备的采购过程进行控制，一方面保证材料、设备购买价格最低，另一方面使材料、设备采购花费最低，同时使所采购的材料、设备在成本效用比上达到最大。
2、成本控制子系统
制造成本控制子系统的目标功能作用，是对生产经营过程进行监督控制，使投入在生产加工过程之中的成本耗费(包括厂房设备折旧补偿费、材料能源耗用费、生产加工人工费三个方面)都在产品、服务质量充分高的情况下达到最低。
3、控制子系统
销售费用控制子系统的目标功能作用，是对企业所提供的产品和服务的销售过程进行监督控制，使企业销售活动的每个环节上的成本投入都能为客户带来价值满足，并最终能从客户所支付的价格中得到补偿。
4、 管理费用控制子系统
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管理费用控制子系统的目标功能作用，是对管理过程本身的投入进行监督控制，在保证企业管理投入所需的情况下，最大限度地减少和降低无效投入和低效投入。包括通过建立科学的管理人员薪酬方案、旅差费用管理规范和招待费、办公用房占用费、办公设备占用费、办公耗材使用等方面的管理规范，以及管理创新方案投入管理规范，以实现管理费用投入最低。