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税负痛苦指数仅仅是关于一国税负的一种算法，且是科学性较差的一种算法，在反映名义税负高低问题上有几个重大缺陷：
一是没有区别平均税负与边际税负的差异。平均税负反映的是每单位的税基所承担的税收负担。边际税负是最后一单位税基所承担的税收数量，是经济学边际分析在研究税负问题上的应用。从这种计算结果看GDP增量中税收参与分配的程度，实际意义会大打折扣。因为实际上税收来自税基，是每一单位的税收平摊在每一单位的税基上，也就是所有的税基负担了所有的税收，而不是税基的增量负担了税收的增量，用边际税负高说明宏观税负过高过重是不可靠的。将主体税种与相应的经济指标对比分析，可以看到各主体税种都有各自不同的来源，并不是所有的税收都来自GDP.可以说，我国宏观税负提高是各个分量税基负担的税收数量增加的结果，不是来自每单位GDP负担税收的增加，更不是GDP的价值增量负担了全部税收增量，边际税负的说服力更加弱化。只有平均税负才是衡量税负高低的有意义的指标。
《福布斯》税负痛苦指数计算使用的我国个人所得税税法规定的最高边际税率为45%，而实际上纳税人的月薪超过10万元时才适用。据统计，适用25%以上的工薪所得和适用30%以上的各类其他所得产生的个人所得税只占该税种收入的6%左右，占全部税收收入的0.5%，适用45%税率的人和税收收入占比就更少了。但《福布斯》税负指数中，个人所得税是按最高档税率45%计算，占总指数的1/4强。显然，将比重如此微小的个人所得税项目直接扩大，把只有极少数人适用的税率作为普遍适用的税率是不科学的，而只有当适用最高税率的比例较大时才是合理的。税负指数必须具有税收负担的内涵才有意义。企业所得税的法定税率是33%、27%和18%三个档次，用33%也虚高计算了企业所得税的法定税率水平。
二是不考虑税基比重和税制结构。《福布斯》税负痛苦指数不考虑税基比重和税制结构，将不同税种的法定税率作简单加总，忽视了主体税种比重差异和各税在总体税负形成中的分量。总体税负应是各主体税种税负的加权平均水平，不考虑税基结构而直接简单加总法定税率，在一国经济结构变动较大时，将影响计算结果的可靠性。同时，不同税种在税收收入中所占比重也影响着总体税负的形成。占我国税收收入比重7%左右的个人所得税的法定税率与占税收收入近半的增值税的法定税率直接加总，同样会影响结果的可靠性。
三是税种选择标准不确定。税种主要选择主体税种，但税种入选并无确切的标准，比如税种收入占总收入的百分比达到多高水平一定被选择等。如果增加或减少一个税种，排序将发生重大变化，这也降低了衡量的科学性。如果把我国除了以上几个主体税种外的近20个地方小税种的最高边际税负做相同的加法，指数将突破300，这已经是一个没有任何税负含义也没有任何意义的数字了。
(二)税负痛苦指数不能说明实际税负的高低
税负痛苦指数不能说明实际税负高低，主要表现在三个方面：