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相对而言，公共部门的制度安排比较令人担心，由于第三部门即非政府非营利组织目前还比较弱小，所以我主要说政府组织。最近的大部制改革是第六次机构改革了。不能说中国过去三十年政府制度改革的成绩不明显。没有政府制度的适当改革，过去三十年的改革成绩是哪里来的呢?毕竟中国政府在过去三十年经济发展中是一个主导的力量，经济成就本身就说明中国政府的制度安排一定有它合理的地方。一是前面提到的经济管理和经济体制创新上的地方分权制度;二是在过去三十年当中，政府的人才结构也发生了大规模的刷新，政府成员的素质、年龄、知识结构发生了革命性的变化。中国政府的人才素质在当今的世界上可以说是相当高的。
但从大规模组织的管理这个视角来看，我国政府目前的效能与效率水平还是存在很大问题的。比如一个比较大的问题是“国家权力部门化，部门权力个人化”，政府的日常管理中，对权力来源、部门权力和个人权力的规范还不够严格。第二个突出问题是立法过程缺乏监督和足够的规范，政府具体部门对社会、企业与个人的管理权限还没有得到合理的界定。目前很多立法都是国家行政主管部门的行政立法，这往往会导致两个问题，一是脱离社会复杂现实，引起多方面争议;二是带有浓厚的部门中心的倾向——主管部门自己立法，自然倾向于让自己工作更方便，权力更多一点。第三个明显问题是政府公务流程还相当粗放。中国政府除了中央各部委和省级政府，还有两千多个县，四五百个地级市……可以说是世界上最大规模的正规组织了。这个组织当中的组织结构、部门的设置、岗位的编制、责任权利义务的管理、人才的激励制度、财务制度、事权的划分等等都存在许多亟待解决的问题。
但是有人要问了，既然刚才说政府里的人才素质很高，为什么还会有这些问题呢?这就涉及中国政府部门的制度创新的一个缺陷了。地方分权的宏观政府制度和人才结构刷新，都是中央最高领导推进的改革，也就是说，过去三十年中国政府部门的改革，并没有像经济改革那样形成一个自发的、多层次的自主制度创新机制。我想提出探讨的是，在未来的改革中，中国的政府系统能否形成这种机制。
我没有用“政治改革”这个词，因为我觉得这个词含义太多。从行政组织和管理学的视角来看中国的政府组织，就可以发现它有着一堆的管理问题，流程不合理是个典型的问题——不管是办结婚离婚登记、办出国护照、办房产登记，更不用说经营企业所需要办理的许多政府管理手续，这些流程大多没有经过一个以效能为标准的审议、优化过程;它就是这样自发的，不知哪天形成的这样一个流程。这些问题和政治改革不是同一个层次的问题，但它们是每天都在发生的，对整个社会和经济的效率有着实质性的影响。我觉得这些方面的管理创新，或说政府流程再造，其实要比笼统地说政治改革更具可操作性。
总而言之，中国改革三十年，同1978年刚开始改革的时候相比，面临的问题是另一个层次的问题，这些问题和过去的问题不同，解决这些问题所需要的思想养料、战略、政策工具也和当年不同了，所以可能面临着新一轮的、更高层次的挑战。