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三、未将职能部门纳入管理
由于职能部门很难量化考核，其考核一直是世界性难题，因此好多组织在设计平衡计分卡时未将职能部门包括在内。
要想对职能部门的业绩进行衡量，必须对其功能进行定位。过去职能部门只发挥职能行政管理角色，现在环境要求职能部门更多地发挥战略角色，即成为业务部门的战略伙伴、内部变革的推动者与领导者，要积极主动地承担绩效提升责任，帮助业务部门提升绩效。
职能部门除有自己的平衡计分卡外，要引入联系计分卡。笔者曾为某上市公司设计平衡计分卡，对所有职能部门不仅设计了其本身的计分卡，而且均引入联系计分卡，如为办公室主任设计计分卡时，由于办公室主任有督导各部门年度计划完成的职责，因此除为他设计其计分卡四个层面的KPI外，还引入联系指标——各部门年度计划的完成情况，并将其与办公室主任的奖励挂钩。
这样做的结果是职能部门都开始围着业务部门转，主动为业务部门服务，业务部门看到职能部门态度的大转弯，也受到极大的鼓舞。大家都积极地坐在一起讨论问题、解决问题，跨职能的团队自然而然就形成了。
四、将平衡计分卡简单地层层分解
由于平衡计分卡是一个层级概念，所以许多企业管理人员就误以为公司级计分卡可简单分解成部门计分卡，部门计分卡又可简单分解为个人计分卡。其实，公司级、部门级与岗位级之间不是简单的叠加关系，而是战略协同关系，是战略目标从上到下的层层落实与从下到上的层层推动，就像钟表一样，员工比作钟表的秒针，部门为分针，公司是时针。秒针推动分针，分针推动时针，三者之间是一种协同关系。如公司层的战略目标是EVA(经济增值)或ROI(投资盈利)，根据战略协同关系进行分解，营销部为收入、回款等，生产部为成本、流程时间、产量等。各部门的战略目标共同支持并推动公司层的战略目标，各部门的战略目标应根据部门的职能战略来确定，不是简单的分解。
五、平衡计分卡与管理流程脱节
管理流程包括年度计划制定流程与全面预算管理流程。许多企业的平衡计分卡由人力资源组织制定，年度计划由办公室组织制定，预算由财务部组织制定，三者各自为政、互不相干。
实际上，平衡计分卡的KPI指标值需要通过预算流程确定，而实现指标值的行动方案需要在制定年度计划时确定，而年度计划与预算又是对应互动关系，是战略计划的具体体现。因为平衡计分卡是一套战略管理工具，它必须与预算管理流程、年度计划制定流程无缝相连，保持内在的一致性。否则，相互不支持，企业根本不可能实现战略目标。
笔者曾为近百家企业做过咨询培训，发现中国大多数企业的预算流程与年度计划流程缺乏或不完善，基本是为做预算(年度计划)而做预算(年度计划)，根本未考虑战略。平衡计分卡要想实施成功，必须想方设法完善管理流程，以达到内在战略的一致性。
六、平衡计分卡某些核心KPI由于缺乏数据，未纳入管理
中国企业由于管理基础薄弱，平时缺乏必要的数据统计，很多重要的KPI未纳入管理，导致关键事项难以完成，无法取得预期绩效。
缺数据意味着缺什么?意味着缺乏管理战略的流程。如中国许多汽车、中药等多产品种类或复杂制造流程的公司，居然不知道每种产品的收益率是多少，这种情况意味着缺乏管理产品成本的流程，而产品成本是影响战略的核心关键绩效指标。因此，缺乏核心KPI数据的公司必须先完善监控该KPI的流程。