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日常管理缺乏记录。许多医院的管理者尤其是中层管理者忽视日常对下属的绩效指导，缺乏记录员工绩效过程需考核的细节，到了考核周期，又无考核依据。没有绩效信息记录造成的结果是，在与员工进行绩效沟通和反馈的时候没有足够的证据来说服员工，这不利于员工成长，也容易引起员工不满和绩效考核流于形式。
对绩效考核结果仅用于奖金分配。运用方法单一，致使不少人认为绩效管理就是绩效考核。绩效考核结果只是工资奖金发放的依据，考核就是扣钱!其结果导致员工对绩效管理产生恐惧、抵触，不利于绩效管理的推进。也正是这个原因，许多医院绩效管理进程步履艰难。
考核结果反馈阶段的误区
忽视沟通，认为绩效沟通太麻烦，怕引发矛盾。很多医院管理者不愿意花时间来进行绩效沟通及绩效考核结果反馈，认为绩效沟通太麻烦，单靠行政命令强行让员工执行。尤其是对绩效考核结果反馈缺乏有效沟通，导致员工发奖金时才知道被扣罚。这样的结果一是管理者与被管理者对绩效管理的认识尚未达成一致，特别是对绩效指标尚未形成共识，不利于员工为之努力;二是绩效管理整个过程中缺乏员工的有效配合，不利于绩效管理宗旨的实现，更不利于帮助员工改进绩效，提升团队业绩。三是由于沟通与反馈不到位，容易引发组织内不团结，产生误解。
为考核而考核，缺乏对下属绩效指导与改进。一些医院把绩效管理作为一种形式，对考核出来的问题没有认真分析，没有从实质上认识到位。每月到时间只是应付了事，缺乏利用绩效管理工具纠正下属存在的问题和差距，缺乏对下属成长进行关心和帮助。
执行中缺乏认真，是绩效管理失败的重要原因。许多医院在制定绩效管理体系方面已经做得很到位，但医院中层以上管理者缺乏责任心，不认真执行操作程序或不按照标准执行，结果导致绩效管理走样，这里面高层管理者也未起到强力的督导作用。甚至一些高层在绩效考核中充当了说情者的角色，实际上成了对绩效管理实施的破坏者。
考核只对下级，不对上级，非全员性参与。这是目前普遍存在的问题，也是在绩效管理实施中员工最不满意的地方。实际上这是一种不公平，上级只对下级考核，员工容易产生不服气，作为高层也失去了以身作则的表率作用。
改进提高阶段的误区
忽视绩效改进，评价标准长期不变。一些医院推行绩效管理后，一些绩效指标长年没有调整过，不能随着医院管理的需求发生变化，这其中包括指标的设置、权重及操作方式等方面，有些指标经过一年的运行，通过加强管理全员均能很好完成，这些指标就可以减掉或权重减轻，而对一些不断出现的新问题就要增加或加大权重。对这些“长板”与“短板”指标要在绩效改进中进行增减设置或权重上的调整，否则就跟不上医院发展。
人力资源经理缺乏绩效管理专业知识。这是许多医院存在的共性问题，源于从事人力资源管理者的背景。如有的是人力资源专业本科、硕士毕业但不懂医学，在处理具体绩效管理细节中缺乏与医院管理的有效对接。大多医院是从事医疗、护理专业的人员转入人力资源管理，他们又缺乏人力资源管理知识，不能发挥绩效管理专家的作用。这是导致目前在医院推行绩效管理的“短板”问题。绩效管理涉及人力资源管理的各个方面，包含了大量的管理技巧，医院的人力资源管理最终要致力的，就是提高医院员工的绩效水平和医院整体绩效水平。