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3. 自身软件开发维护能力较弱，对外包公司依赖性太强。
由于受技术人才匮乏等因素的限制，农村合作金融机构的信息化建设自主进行研发的较少，普遍以外包开发项目为主，对系统开发商依赖性很强。同时，由于目前市场竞争激烈，IT公司人员流动性较大，规模不是很大的公司一旦核心技术人员发生变动，将使其技术实力大打折扣，甚至出现整个技术团队跳槽，导致集成公司被合并或关闭的情况，严重影响农村合作金融信息化建设的进展和质量。
4. 地区差异大，发展不平衡。
由于我国经济发展的区域不平衡性，使得各地农村合作金融机构综合实力差异巨大，与之相对应，各地的信息化水平差异也很大，核心城市及东部地区信息化起步早、投入大、水平高; 中、西部地区情况则相反，到目前为止还有部分营业网点未使用计算机，仍为手工办理业务。
5. 与其他银行的差距在加大。
目前，各家银行包括规模较大的城市商业银行都逐步完善了行内核心业务系统，搭建起了各类金融服务平台，以此为依托，大力拓展各类中间业务，使中间业务收益逐渐成为新的主要利润增长点。大多数商业银行，特别是已进入境内外证券市场的上市公司，更是全力发展信息技术，不断开发和引进各种以客户为中心的服务与管理信息系统，用科技引领各项业务的全面发展。农村合作金融机构的信息化建设虽然取得了很大成效，但总体水平尚处在初级阶段，与其他银行相比，存在不小的差距。
发展:
统筹资源上高端
要解决上述问题，适应激烈的市场竞争，需要集中全国农村合作金融机构各级管理者和科技人员的智慧，共同商讨今后的信息化建设与发展思路，全力以赴地投入，以进一步提高农村合作金融系统的信息科技应用水平，提升整体市场竞争力，有效服务三农和支持社会主义新农村建设。
1. 以信息化建设引领各项业务持续、快速、健康地发展。
随着各地经济的飞速发展，乡镇、村办企业蓬勃兴起，城乡贸易往来频繁，农村进城务工流动人口增多，客户对农村合作金融机构的服务手段和服务功能都提出了更高的要求。同时，银行卡支付工具的逐渐普及，要求农村合作金融机构尽快提供ATM、POS等自助服务终端，并尽快建立网上银行、电话银行、手机银行和互动电视银行等新型支付平台，在这方面，农村合作金融机构有很大的经营发展空间。
已完成数据处理中心建设和业务数据集中处理的省份，管理信息化又成为未来建设的重点。