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政府与厂商合作模式是关键
在有了政府部门的高度重视和相关配套政策和资金支持的前提下，与IT服务提供商之间选择怎样的合作关系对于系统建设能否顺利实施、平滑升级、持续稳定运行至关重要。
政府在与企业合作过程中，双方由于费用问题、技术能力不足、企业人员变动、政府需求变化过于频繁等各种原因而中途中止合同现象，各子系统建设缺乏统一标准、沟通不足导致的整合困难、资源浪费现象，因政策变化导致的系统升级维护工作在合同中界定不清楚而影响政策执行现象，在各地医疗保险信息系统建设过程中并不鲜见。
如果采取了合适的合作模式，这些不良后果都是与合作模式的选择密不可分的。当前医保系统建设主管部门与IT服务商合作的三种主要模式——“强信息中心模式”、“弱信息中心模式”、“建设、运维外包模式”各有优劣势，合作模式不同，IT服务商的可控制性不同、责任意识不同。相关政府部门在对本地医保信息系统建设的内外部条件分析的基础上，选取合适的合作模式，就能够避免和最大程度地减少以上各种影响信息系统建设绩效的现象发生。
服务商的能力是核心
确定了适合本地医疗保险信息系统建设的政企合作模式以后，能否对参与竞标企业进行科学合理的评估，最终做出理性的选择也是系统建设成功的关键一环。医疗保险信息系统功能性要求高、建设周期长、投资额大，建设过程中需要把风险降到最低，因此，并不是所有投标厂商都能胜任工程承包的角色。IT服务提供商是否具有成功经验积累、项目管理水平、项目实施能力、信息技术人员力量、技术水平等各方面资源和能力都是保证大型信息系统建设成功的重要条件。
除了以上三个关键因素以外，影响医疗保险信息系统建设的因素还有很多，包括：信息系统建设主管部门对项目相关知识的积累、监理公司的有效监督管理、业务部门对自身需求的理解程度、相关应用主体对系统的接受度等等。