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3、加强生态调度，补偿河流生态，缓解环境影响
调整水利水电工程的运行方式，把生态调度纳入工程的统一调度管理，是保护生态、环境的重要和必要手段。法国、美国、日本、德国、澳大利亚等发达国家已进入工程的全面管理阶段，以修复河流自然径流过程为基础，经过20~30年的生态调度的实践，取得了良好的效果。
合理补偿工程建设对生态环境的不利影响，近年来在我国也开始得到了一定的重视。如长江流域在规划龙盘水电工程时，选定了发电的下泄流量不得低于生态基流300m3/s，以满足下游基本生态需水和景观要求;在黄河小浪底水库进行的调水调沙试验，利用人造洪峰输沙入海，减轻下游河道的淤积。丹江口水电站为控制汉江下游水体富营养化，加大枯季下泄流量;太湖流域调整河网地区闸坝运行方式，促进水流交换改善水质等等，都是生态调度的有益尝试。但仍应认识到，我国距真正实施水利水电工程运行中的有效生态调度尚有巨大的差距，建立以生态保护为目标的运行和长效管理机制是一项复杂的长期任务。
4、改进规程、规范，建立环境友好的技术体系，多途径恢复和保护生态环境
减缓工程建设对河流生态影响需要采取综合措施，并且要特别注意因地制宜，要有针对性。葛洲坝水利枢纽建设采用了人工增殖技术，缓解工程对中华鲟等珍稀鱼类的影响。美国对哥伦比亚流域除了修建过鱼设施，对局部河段仍然存在过鱼效果不理想的局面，对鲑鱼和鳟鱼进行人工增殖放流或实施机械转运。另外，采用胶凝砂砾石坝减少当地材料用量、采用气垫式调压井减少植被破坏、建立野外多自然河流试验研究基地、用生态大型灌区替代常规的混凝土渠系，以及修建生物廊道，恢复岸坡植被，建立人工湿地等，都是保护生态的有效措施，国外都有大量的实践经验。
我国在河流生物物种的保护目标和保护手段方面存在很大差距，还没有一套生态、环境监测信息网，没有一套完整的各大流域及其重点河段的保护鱼种及水生物规划，也没有成熟的技术手段和工程经验，因此没有一套相应的保护策略和保护办法，规程、规范在这些方面欠缺的内容也比较多。同时，建立和推动环境友好的水利水电技术体系，由于问题复杂、涉及的部门多、专业多、所需资金量大，是一项长期的任务，需要国家格外重视，才有可能取得明显的成效。
二、组织跨行业、跨部门科学调查研究，尽早建立生态补偿机制
长期以来，在水利水电工程建设与环境保护方面存在着单一部门与单一学科开展研究多，跨行业、跨部门的联合调查和重大问题的联合技术攻关少的局面;同时，生态保护也缺乏机制的保障，不利于开发建设和环境保护的协调发展。
1、加强江河湖库生态、环境保护目标研究，建立水生态监测体系