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根据国际上的成功经验，必须充分重视并切实落实对水流、生态、相关工程运行等基础信息的长期监测，规范监测技术，共享监测信息。相对水流信息，我国的水生态信息的基础相当薄弱，因此建议组织学科交叉的对江河湖库的生态现状进行系统调研。建议在已有水文和水质监测站网的基础上，建立水生态的监测体系。通过长期、系统的观测，为制定我国水利水电工程建设与生态、环境保护战略、开展科学研究、改进设计和运行规则、编制规程规范、建立科学合理的评价指标体系提供重要的技术基础。
2、选择试点、借鉴经验，提出适合我国国情的生态补偿战略
减缓水利水电工程的建设对生态系统干扰，目前可行的做法：一是采取环境友好的工程技术和管理方式，对河道生态进行修复，减少或减免其影响，另一种是对造成的难以减免的影响采取补偿，包括河流生物栖息地的建设、鱼类的人工繁殖、濒危物种或特殊物种的恢复等，在大尺度范围内达到生态环境保护的目标，保护河流生物多样性及其结构功能。发达国家已进入工程的全面管理与河道生态修复阶段，经过多年的生态调度的实践，提出了 “适应性管理”的概念，即由“评价—规划—设计—实施—监测”形成一个完整的良性循环。这些都需要我们加大调研力度，系统完整地学习并研究分析，借鉴其先进的经验与理念，并结合我国的国情和特点，提出未来我国水利水电工程建设和运行管理中的环境保护及河道生态修复的发展战略。
生态补偿机制是个十分复杂的问题，不仅涉及到具体的生态补偿技术的开发，还涉及到社会、经济、法律、伦理等诸多领域的问题，也是目前国内工程建设中普遍遇到的问题。该问题的解决是保证我国水利水电建设可持续发展的重要条件之一，应给予高度重视，并加紧开展研究。
三、加强财政支持，设立专项基金，建立生态补偿的长效机制
围绕水利水电工程建设，尤其是水电开发，国际上有比较大的争论和分歧。 2002年世界首脑峰会及之后的若干次会议上，水电作为清洁的、可再生的能源重新得到重视，根据世界各国开发水电众多成功及成熟的经验，认为水电开发可以做到可靠、廉价、经济可行、社会和谐与环境友好，是技术上成熟、可大规模商业化开发的可再生清洁能源，并强调以环境友好的、社会和谐的各种方式开发水电，符合新千年的发展目标，有利于持续地减少贫困和有效缓解全球20亿人无电供应的问题，可以有效减少温室气体排放。
我国是世界上最大的发展中国家，很多地区吃水难、用电难和发展难等问题非常突出，建设水利水电工程在很多情况下是不可替代的选择。因此，吸收国际经验，通过调查和组织技术攻关，有效建立环境友好的技术体系和生态补偿的发展机制是促进发展的当务之急。考虑到我国的具体情况，水电开发面广量大、总体基础薄弱，同时面临着建设与保护之间的矛盾等因素，应该推动建立国家层面上的生态补偿专项基金。我国有8万多座水库，水电装机已超过1亿千瓦，30米以上的大坝4000多座，建立专项生态补偿基金有比较好的基础条件。基金主要用于生态补偿和中长期的、重大的环境保护共性问题研究。在政府领导下，以科学发展观为指导，从我国比较长远的社会经济发展需求和面临的挑战出发，结合水资源分布特点和开发现状，开展长期和系统的工作，从而形成人水和谐的新的局面。