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组织建设相对薄弱
Y商学院原来主要从事公司内训，运作相对简单和封闭。随着公司战略的调整，Y商学院要实现独立核算和运作，走向市场，面对社会和客户。王院长认识到，只有进一步完善组织运作机制，加强商学院日常运营管理，制定包括职责体系、学籍制度、财务管理制度等在内的配套细则，才能真正实现商学院的良性运作和长远发展。
正像王院长所意识到的那样，企业大学作为独立的企业培训组织模式，只有科学设立和优化组织结构，明晰部门和职位间的责权划分，才能保证培训工作的顺利开展。目前，国内企业大学的组织结构通常有三种：项目式、职能式和矩阵式。这些形式在实际运营中都有利有弊。
项目式是按照培训内容划分为若干培训项目，如管理类、技术类、营销类等，每个项目又是由教学人员、课程开发人员、培训管理人员组成。另外，还需要设置综合办公室、财务部等职能部门管理学校的日常事务。项目式往往采取独立核算的方式管理，运作较为灵活，各职能部门间能够高度协调，可适应快速变化的外部环境。但失去了各职能的规模效应，造成资源浪费，而且容易导致各项目之间缺乏协调，实现相互整合和标准化较为困难。
职能式是比较常见的形式，它按照企业大学所涉及到的基本职能进行组织结构设计，通常设有培训服务部、课程开发部、教学管理部、综合办公室、财务部等，再根据每个部门的具体职能设置二级岗位。职能式能够促进各职能规模效益，提高各职能所需的深层次知识和技能，有助于组织实现职能目标。但容易导致高层决策堆积、执行层超负荷，各职能部门也缺乏横向沟通协调，对组织整体目标的认识有限，对环境变化的反应较慢，缺乏创新。
矩阵式是为了节省人力和物力成本，根据项目灵活调用相关专业人才采取双重管理的结构。它根据不同的业务单元划分不同的培训单位，各培训单位下又分职能部门。矩阵式便于组织内部的沟通协调，适应快速变化的外部环境，实现各培训项目间人力资源的灵活共享，但容易导致员工卷入双重职权而沮丧，需要很大的精力来平衡权力，并在经常性的协调会议和冲突解决会议上耗费时间，所以，这要求员工具有良好的人际关系技巧。
培训成果难以落地
企业花费大量的人力物力开办企业大学，就是想培养一批掌握行业信息和技术、具有国际化视野和综合管理能力的优秀人才，使之成为企业未来发展的核心驱动力和制胜关键。但如何才能做到培训课程的有效落地，成为评价企业大学效果的最重要指标。
目前，国内企业大学有的要求学员在课程结束后写培训总结和心得体会，通过交流会、组织学习小组与其他同事分享培训收获;有的则要求学员完成指定的项目。这其中存在的主要问题是缺乏系统的跟踪手段，故而具体执行的效果，在一定程度上取决于各级管理人员的重视程度。成立于2001年的卡特彼勒大学，荣获美国培训与发展协会颁发的2005年度最佳企业大学奖时，主要获奖理由之一就是其在成果落地跟踪方面的卓越表现。卡特彼勒大学强调，在公司范围内采用一致性的成果落地评估方法，切实做到在关键流程中将培训评估制度化，公司还要求所有全球性的培训项目都必须做出投资回报率的评估。这些确保企业大学培训成果真正实现落地的措施和做法，很值得国内的企业大学借鉴。
企业大学在我国作为一种新兴的企业培训形式，由于自身基础薄弱等原因，在建设的过程中必然会遇到这样那样的难题，但只要找对路子，想好点子，把上述六个难点问题逐一解决，企业大学就会发挥其巨大作用，转化为实际的企业效益，大大提高企业的生产率，同时也会成为员工个人职业发展的平台。