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有效性的评价主要是针对未采用标准内部控制而实施特殊控制的情况，对采用了标准内部控制的也要做简要分析，因为标准内部控制可能不适于单位，而且一些控制政策需要按照标准结合自己的实际自行制定。有效性评价首先要分析确定对各控制点实施控制应达到的目标，本文认为可以在内部控制系统目标的指导下结合控制点的具体情况分析确定，如对现金收入的控制程序，根据保证资产的安全完整目标，分析确定其目标为保证现金收入以真实金额真正流入单位，根据保证信息记录的真实完整确定控制目标为保证现金收入都真实无误的加以记录，根据提高运营效率确定目标为提高现金流入单位的速度，根据保证遵守国家法律规章确定目标为遵守《现金管理暂行条例》相关规定。各个控制点控制目标不一定与控制系统目标一一对应，有些系统目标对某些控制点可能不适用，如采购验收这一控制点的控制目标就与“保证遵守国家法律规章”无关，根据具体情况采用。目标确定后再分析控制点控制的各项措施是否能达到控制目标。
对测试过程中发现的重大财产损失、效率低下、违法事件等问题，应特别注意分析其控制健全性和有效性原因，如果是因健全性和有效性导致的，那么这些问题既是健全性有效性初步分析的确证，又是分析评价和提出建设意见的重点。
健全性有效性评价的重点在意见的提出，是为了实现补充完善、再生内部控制的审计目标。对有效性的评价实际上是有效性分析和改进意见形成的混合体，分析的过程中意见也就可以有针对地提出，而且改进意见是目的。健全性的评价实际是确定未控制的业务或作业和针对其建立内部控制的过程，主要工作在后者。可以看出有效性评价和健全性评价在基本方法上是一致的，都是内部控制建立的方法，因为有效性分析和改进意见的提出实际也是在确定控制目标、分析风险、提出控制措施。因此内部控制建立方法是健全性和有效性评价、对实现审计目标的要件。
关于内部控制建立的具体方法本文不再详述，只提出一点意见。本文认为，在健全意见和有效性改进意见提出的过程中，应特别注意标准内部控制和内部控制方法的运用。标准内部控制前已述及，为配合政府推动内部控制建设，对于特定业务或作业，应注意运用相应的标准内部控制，并与自己的实际情况结合起来，以提出更具建设性的意见。这对健全性意见的提出更具实际意义。内部控制方法在前述2001年我国财政部发布《内部会计控制基本规范》(征求意见稿)中有规定，它们是：1)组织规划控制，包括合理的组织机构设置和不相容职务设置，不相容职务为授权批准与业务经办、业务经办与会计记录、会计记录与财产保管、业务经办与业务稽核、授权批准与监督检查;2)授权批准控制，包括确立合理的授权批准范围、层次、责任和程序;3)文件记录控制，包括机构职能和授权批准权责文件、岗位说明书、业务程序手册、业务处理凭证、会计资料系统，或类似的文件，以及这些文件的宣传认知;4)预算控制，包括预算体系的建立、编制和审定、指标的下达和落实、执行授权、执行过程控制、预算差异的研究和反馈、预算的考核及奖罚体系;5)财产保全控制，包括限制接近、定期盘点和核对、记录保护、财产记录控制、财产保险;6)职工素质控制，包括职工聘用、培训、考核、轮岗、奖惩、晋升、解聘;7)风险抵御控制，包括筹资风险、投资风险、合同风险、信用风险的评估与控制;8)内部报告控制，包括生产报告、经营报告、财务报告、特殊事件报告，以及报告的处理;9)电子信息系统控制，包括系统组织和管理、系统开发与维护、文件资料、数据、网络安全控制，输入输出控制、处理控制。这些方法对建立和改进意见的提出能发挥出指导和衡量的作用。