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4、 审计权限不同
对于重视企业内部控制和审计的企业来说，内部审计通常会被赋予对潜在风险预防提出管理纠正的权利，有些甚至可以直接向高层提出免除下属业务单位主管负责人的建议。外部审计师虽然在其审计报告中也可以对潜在的管理风险提出预防建议，但一般不涉及处理被审计单位的管理人员。
案例四：内部审计对管理层的奖惩建议权
某公司的一家下属企业，自开业后多年来始终处于亏损状态。虽然该公司的设备一流，而且有跨国公司的大投入做后盾，产品的市场需求极大。但公司总经理盲目自信，随意滥用董事会赋予的投资权利，超预算购买大批进口设备。加上内部管理混乱，费用开支巨大，管理层之间信息沟通不佳，所以产品质量和数量长期不能满足客户需要，导致该公司长期不能达到董事会确定的目标。公司内部不断有员工揭发总经理利用采购设备的机会接受外国供应商的好处，包括带领全家出国旅游、收受好处等问题。最后，公司首席执行官指示内控部联合其他投资、财务等部门组成联合审计组对该公司总经理进行特别审计。
经过一周的特别审计后，根据具体的审计证据和总经理目前的经营方针以及发展计划，审计组决定在审计报告中向董事会提出了包括撤换总经理在内的一系列建议。而过去外部审计师虽然也多次对该公司进行年度审计，也有许多管理建议，但都没有涉及该公司总经理的去留问题。
此外，该公司的内部审计机构通常还派人参加企业的年度和季度的绩效考核工作。内部审计师在评价下属企业管理层的绩效中有奖惩建议的权力。
5、 服务深度不同
由于内部审计和外部审计存在资源使用、工作方法、业务重点等方面的客观差异，导致内外审计在对企业服务深度方面的不同。
案例五：内部审计在合资谈判中的服务功能
某生产汽车零部件的投资公司(简称“甲方”)管理层计划和另外一家生产零部件的私人公司(简称“乙方”)利用双方资源优势联合组建合资企业，共同向市场的特定客户推出一款新的产品。在谈判初期进展非常顺利，双方代表就产品、市场、投资、合作方式等重大问题基本达成了一致意见。当谈判进入到具体合资企业的管理人员组成问题时，双方发生了意见分歧。按照惯例，当合资双方股权比例达到7：3或6：4以上时，一般由一方推荐董事长、财务总监人选，组成监督方;另一方则派遣总经理组成经营管理层。这类组合虽然表面上看来比较公平，也有成功案例，但在实际运营后通常容易因各方利益冲突或经营观念的不同导致管理层分裂，轻则影响企业正常运营，重则破坏实现合资企业的长期发展目标。极端情况下还会导致合资双方终止合作。