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会员注册当前，在一些基层审计机关的复核工作还存在不少问题，尽管未引起行政复议或诉讼，但应引起重视。
目前审计复核工作存在的主要问题
1.审计复核机构和人员不健全。目前地方审计机关中存在专门复核机构的为数不多，尤其是在县级审计机关，由于受编制因素的制约，大多未设置专门的审计复核机构，一般都是挂在办公室下，而不单设机构和人员，有的复核人员由办公室的同志兼管。由于办公室事务繁杂，复核人员往往还要处理其他事务，很难集中精力完成审计复核工作。同时，在业务科室中县级审计机关往往是一个业务科室只有3名左右审计人员组成，如审计组长由科室负责人担任的话，则前两级复核 (即审计组长复核、审计组所在的部门复核)往往就成了一级复核。
2.审计复核的时机滞后。根据审计署6号令要求，审计报告都要在征求被审计单位意见后送复核机构复核，这个阶段复核重点主要是从法律、法规、规章的适用角度来审核审计评价、定性、处理处罚和移送处理是否恰当、合法等内容。这一阶段工作本身是建立在相关事实清楚基础上的，而复核机构仅对事实表述是否清楚把关，现行准则规定的是5天时间，实际操作过程中，由于复核人员一般不参加现场审计，因而难免与审计人员存在脱节现象，往往使审计复核处于被动地位，难以有效地防范风险，特别是一些重大审计项目，审计实施的时间又较长，如果前两级复核不到位的话，则用5天时间完成复核就非常困难。同时，由于审计报告已征求被审计单位意见，若复核机构认为该报告存在评价、定性不恰当的因素，则势必又要重新补正，再次征求被审计单位的意见，从而造成审计工作的被动。
3.审计复核不具有可操作性。一方面，复核机构在进行审计复核过程中往往只对主要事实的表述是否清楚，适用法律、法规等是否准确、评价、定性、处理和移送处理是否恰当以及审计程序是否符合规定方面进行审计复核，而这些复核内容主要还是集中在文字、程序和法规方面，对审计报告内容和建议的合理性等方面缺乏必要的复核;另一方面，审计复核缺少具体的复核工作规则，无法理清三级审计复核的责权关系，无法根据审计项目的重要程度来具体安排审计复核工作，从而无法有效指导、规范审计复核工作和保证审计复核的质量。
解决审计复核工作存在问题的对策
1.加强复核机构和人员的配置。根据目前地方审计机关人员少、任务重的现状，笔者建议，在不增加人员编制的条件下，地方审计机关(尤其是县级审计机关)应注重整合资源，条件许可的再设置综合法制科室，条件不能达到要求的至少要配备1名专职的复核人员，专司审计复核。同时，地方审计机关可以成立审计复核委员会(或领导小组)，由局主要领导、分管领导和办公室、复核机构负责人共同参加，在各业务科室可指派1名同志担任兼职复核员，切实解决复核人员不专职，复核机构形同虚设的问题。