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3.预算编制手段落后，预算透明度缺乏操作前提。一是政府会计报告系统不健全，总预算会计在集中层次上记录拨款，以拨列支，不能及时、同步追踪预算资金运动全过程，而是依赖于银行、支出单位提供的财会信息，信息的真实性差、可信度低;并且经济、社会发展各项指标的预测手段很差，导致预算编制的基础资料如经济数据、定员定额标准等缺乏科学性和合理性。每年提交人大的政府预算报告只是文字说明，不反映账户体系、数据、编表等，不能算是真正意义上的政府预算，因而其透明度大打折扣。同时缺乏透明的表现还在于，即使政府预算公开了，也缺乏专业人士对专业化的数据、表格、账户体系等进行审议以及对公众的说明和解释。
4.政府预算法定性不高。“政府预算的透明度首先要建立在健全的法律体系下，没有法制化，就无所谓透明度。”一切财政活动必须以法制为基础，即要有健全的法律体系，使得财政活动有法可依，这是依法理财的关键。实际上我国的财政法规体系，明显存在着立法层次较低的问题。除《会计法》和《政府采购法》外，“其他法律都不同程度地存在与社会主义市场经济的发展”、与公共财政的要求以及我国加入WTO的新形势不相适应的地方，迫切需要进行修订。如不尽快改变这种情况，就势必影响我国的财政改革，就不可能真正建立起与社会主义市场经济相适应的公共财政体系，也就谈不上依法理财。尤其是财政某些领域的基本法律法规还存在盲区，“如预算管理体制、转移支付、”“国资管理、债务管理、财政监督等。”“现行财政立法中行政法规、部门规章及其他规范性文件占较大比重，虽然法规、规章的制定、修改和废止程序较法律较为灵活，但因其法律层次不高，执行效力低，降低了政府预算的透明度。”
5. 财政监控制度的不健全也是预算透明度不高的原因之一。预算监控力度较弱，就难以对公共支出机构的预算执行情况进行及时、有效的监控，支出机构截留、挪用财政资金的现象时有发生，财政管理处于被动局面。国库集中收付和政府采购制度都是加大预算执行监控力度的重要手段，但这两项改革均处于试点过程中，国库功能还没有充分发挥，相关配套措施还没到位;纳入政府采购的货物、工程和服务的范围相对较窄，采购方式还比较简单，因此操作细则等制度依然有待于进一步完善。同时缺乏违反政府预算的法律追究制度，处罚时对事不对人，处理偏轻，公共支出机构违约成本太低，在一定程度上纵容了违反预算的现象，尤其是违反预算行为根本不向广大纳税人公开，因而无法实现透明化。
二、加强预算透明度的建议
1.深化财政管理改革。一是提前预算编制的时间。政府预算文件应建立在对未来5-10 年的总体财政预测的基础上，这就要求提高政府的宏观预测能力。为了体现政府的中期经济和财政目标，清晰反映总收入、总支出、赤字或盈余以及债务情况，至少应提前在预算年度开始之前的三个月内向人大提交预算草案，并在预算年度开始之前批准预算。二是深化和完善预算管理改革，进一步完善部门预算的内容和形式，以系统化、规范化的管理制度和技术规范标准体系，规范各级预算管理和实践操作。建立健全预算管理的决策机制，实现决策民主化、科学化，提高预算管理的透明度。三是大力推进财政国库管理制度改革，建立以“国库单一账户体系、财政国库集中收付”为主要方式的资金拨缴制度。四是全面贯彻落实《政府采购法》，进一步规范政府采购工作，加强对政府采购预算、计划编制、招投标等采购程序的执行和合同履行等全过程监督管理，逐步扩大政府采购范围，依法规范政府采购行为。