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在实际工作中，相当部分的拍卖企业财务人员往往认为，只要是收取佣金收入属于提供劳务的应税行为，均应缴纳营业税。这样对于拍卖动产向买受人收取的价款和佣金本因申报增值税而被误申报为营业税，一旦国税机关发现后追查以前年度拍卖动产应交未交的增值税，给企业留下相当大的损失。
增值税与一般纳税人资格转换
作为拍卖企业，因动产拍卖额较小则作为增值税小规模纳税人，而一旦不含税销售额连续十二个月累计数超过180万元，将收到国税机关“增值税一般纳税人资格认定催办通知书”。若拍卖企业不及时申请办理认定手续，将按增值税税率17%计算应缴纳税额，并且不得抵扣各项税额。因此拍卖企业必须在当月向国家机关申请按增值税一般纳税人简易征收(征收率4%)或申请仍按增值税小规模纳税人进行纳税申报。
合作拍卖收入分成问题
对于两个及两个以上拍卖行联合拍卖的情况，建议选择在拍卖成交时由主拍卖行、合作拍卖行根据自己实际收取的佣金收入分别向买受人开具发票，这样各自承担相应的税费。
若主拍卖行向买受人全额开票收款，再由合作拍卖行按分到的佣金收入向主拍卖行开票收款，则支付合作拍卖行款项作为主拍卖行主营业务成本，主拍卖行、合作拍卖行将分别根据开票额计缴税费。
对于拍卖企业与其他类型的企业合作，拍卖成交后合作企业将向拍卖企业收取业务介绍费时，拍卖企业应在对方开具服务业发票后方可支付合作分成款，否则经营成本列支将无合法依据。
买受人违约账务处理
在实际拍卖业务中，个别买受人往往因各种原因未能付齐成交价款，根据拍卖前的约定拍卖行向其收取的保证金将不予返还。在与委托人明确此类保证金归拍卖行所有的情况下，仍有部分拍卖行将此款项作其他应付款长期挂账，导致税务机关稽查时被确认为应税收入而被计缴营业税及附加，并单独作为企业所得税应税收入补税，并处以滞纳金及罚款。因此在确认不须返还的前提下，拍卖企业应及时结转入其他业务收入反映。