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当前我国中小型企业实施ERP的主要问题集中在以下方面：首先，从企业的基础到高层对实施ERP的目标尚不明确。多数企业错误的认为ERP实施是一项简单的企业信息化建设工程或企业管理信息系统工程。目标设得过高或过低，就很容易模糊不清。目标一模糊，就很难落实到具体的实施工作中，不顾重点，胡子眉毛一把抓，导致投资过大、收效甚微、实施乏力的状况。明确的实施目标对实施ERP项目而言，就好像大海彼岸的港湾，如果没有具体、明确的航行目标和方向，轮船很容易受到各种不同环境因素的影响而迷失方向。
其次，对ERP的没有明确的认识，错误的把上马ERP当作万能工具。对ERP项目只视为计算机项目，对管理思想、管理软件、管理信息系统三个概念缺乏深刻的理解和认识。计算机系统不是管理目的，而是管理工具;ERP项目不是计算机项目，而是管理工程，是企业管理模式的全面创新，是一场深刻的管理革命，工作量大，涉及面广，实施周期长，是一项非常复杂的管理系统工程。
第三，中国企业基础管理薄弱，普遍存在无法可依、有法不依的现象，企业缺乏战略观念、系统观念;他们对业务流程、财务核算等简单流程都不能理顺;客户数据在销售部和财务部都不能统一，更不要说销售和分销的业务流程;这些先天不足因为对手的薄弱而被掩盖，但加入WTO后，随着拥有战略优势和综合资源优势的跨国公司的进入，这些薄弱环节已凸显出来。由于管理基础薄弱，企业根本不具备实施ERP的前提条件，甚至不存在业务流程再造的问题，而是业务流程新建的问题。长期缺乏先进理念始终如一的贯彻，势必无法实施与运用奠定在一定管理哲学指导下的ERP系统，即使是素质优良的企业也会因外部市场环境的不规范而难以规范运作。
第四，匮乏相应的ERP实施人才。企业自行开发软件费时、费钱，究其原因是人才匮乏;软件供应商各有长短，用户难以辨别优劣及适用性。新知识面广、量大，更新速度快，难以全面掌握;企业个性与行业个性差异大，企业管理基础与侧重点各有不同，导致难以开发出既先进又经济实用且能具有市场推广价值的软件。
最后，其他方面的实施矛盾和不可控因素要重视。ERP的集成性与实施中部门间协调困难的矛盾，ERP的先进性与企业人员素质差的矛盾，应用范围广与数据准备工作量浩大的矛盾，计划的精确性与IT系统基础数据差的矛盾，较长的实施周期与IT技术快速更新的矛盾，企业需求与系统工作重心偏差的矛盾，高投入与慢收益的矛盾，较长的实施周期与企业“一把手”重视程度及心理承受力的矛盾等。ERP涉及到企业管理理念的变革、流程的新建、重组与再造及企业资源的整合，因此被称为“一把手”工程，但“一把手”工程本身就不可控;对基础数据的唯一性、完整性、准确性要求不可控;因实施人员的素质因素使得实施质量不可控;因不同层次需求不一致，使得需求与验收标准不可控;因各方存在职能与观念的错位，常导致实施主体缺位现象。这些因素最终导致实施周期、成本不可控。