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部署之前的准备
将SCM系统投入运行之前，用户需要花费一定时间来进行该系统的标准、流程以及需求识别，并需要进行缺口分析，以确定如何利用此系统填补当前的运行状况和期望运行状况之间的缺口。
在SCM投入运行前，首先要对参数进行书面定义。文件中应当阐述明确的目的，如减少修改时间，将服务器配置标准化，遵守相关法律(如萨班斯法案)或遵从管理框架(如COBIT)。
企业应该将其需求分成不同优先级，这样最重要的问题将在SCM的配置中首先处理。比如，有不同操作系统版本的企业首先应该给可能给企业带来最大风险或最常进行更新的部分创建模板。抑或优先设定控制和响应的衡量标准，如跟踪警报，未经批准的更改等，接着再处理其他需求。
下一步是建立缺口分析，为了开展这一步骤，企业必须描述当前数据中心的运行情况以识别出哪些功能需要更改以迎合企业需要，并以此考虑要配置的SCM软件包是否具有这些功能。比如，企业需要将数据中心的服务器配置标准化。但如果实际情况是企业已使多种操作系统版本相融合，补丁也已经配置，缺口分析就将指向各种功能，这些功能需要符合标准配置的要求，包括恢复能力、自动变更-跟踪以及基于角色的访问控制。
缺口分析也体现出出SCM不能实现某些领域的特定需求。在这种情况下，SCM软件必须与其他管理系统协同工作，有时候需要将服务器和应用软件进行定制以实现公司的要求或处理服务监控。缺口分析也可帮助用户从SCM供应商推荐的多种功能中筛选出自己需要的功能，当你熟悉了这些软件，购买者就可将必备功能和应具备的功能区分开。产品的选择同样重要，这一过程的第一步是要明白产品的复杂性。比如，报告系统需要复杂的SQL吗?特定软件的分配顺序需要特定的脚本吗?
最后，对当前数据库运行的描述也可以作为基准来衡量SCM系统对运行效率的影响，并对整个项目的费用进行评估。如果在没有配置SCM系统的情况下，平均恢复时间是三小时，IT部门就应对这一配置进行改进。或者，如果两个专职员工在做如服务器更新和软件升级一类的基础工作时，通过自动化也可以节省工作时间。
对于虚拟化，由Linux、Windows和VMware系统环境定义的标准，预计需要五到六周来对比费用和收益，说明需求，进行缺口分析并创建衡量基准。这一工作需要由一个全职的技术分析师和一个内部参与者(相当于一个半日制员工)完成。当然。也可以考虑请一个顾问。
基础设施的架构
第一步是确定一个供应商，接着是开始进行配置。
通常，运行SCM需要在每个服务器上安装代理。如果企
业的数据中心位于不同地点，还需要在每个地点配置一个管理服务器。一台管理服务器可以接管另一地区一台宕机的管理服务器的任务，管理服务器可分享他们之间的配置数据，也可以决定到任何一个代理的最佳路径。对于大型、分散的IT环境，这一功能提供了冗余数据的衡量标准，也保证了财务审核和分配活动的继续开展。
设置代理
尽管一些供应商支持无代理运行，当如果想对平台进行全面配置控制，就必须设置代理。
对于代理的分配，各供应商采取的方式不同，Opsware公司认为应该用一种方法对所有需要多重管理模块的代理和分代理软件进行分配，而BladeLogic公司则在最初分配一个核心代理以支持其Operations Manager软件包;如果附加功能，如Application Release Manager被采用，就必须安装一个分支代理。这意味IT员工必须付出额外的时间及花费。